A rendszerrel szemben meglehetősen kritikus, ám a kis példányszámú liberális Novaja Gazeta ismert újságíróját az általános vélemények szerint újságírói tevékenysége miatt ölték meg. A körülmények megrendelt leszámolásra vallanak.
A legtöbben csecsen szálat feltételeznek a háttérben. Nem véletlenül, hiszen az újságíró élesen bírálta Groznij erős emberét, Ramzan Kadirovot, a korrupciót, a kínzásokat, s általában a szabadságjogok durva megsértését a kaukázusi köztársaságban. Ami a „csecsen nyomot” illeti, orosz liberális lapok szerint Politkovszkaja meggyilkolását éppúgy megszervezhették Kadirov hívei, akiknek nem tetszettek az újságírónő leleplezései a csecsen erős ember (volt felkelőkből álló) milíciájának emberrablásairól, mint ahogy megszervezhették az ellenfelei is, akik a lejáratására és meggyengítésére törekednek.
A kivégzés erős gyűlöletet feltételező módja miatt felmerül az a verzió is, hogy olyan jobboldali radikális erők állhatnak a háttérben, amelyek Oroszország elárulójának tartották Politkovszkaját. A találgatások között felbukkan olyan vélemény is, miszerint végső soron harmadik hivatali időszak vállalására akarják rákényszeríteni Vlagyimir Putyin elnököt azok, akik Politkovszkaja megölésének hátterében állnak. A Komszomolszkaja Pravda egy szintén rendszerbíráló kolléganője, Julija Latinyina szerint „két legyet akar ütni egy csapásra az a valaki”, aki szándékosan kínos helyzetbe hozta Putyint és Kadirovot az őket a legélesebben bíráló Politkovszkaja születésnapjukhoz időzített meggyilkolásával.

A Kondorosi Csárda még egy utolsó esélyt adott a rongálónak