A hírportál úgy tudja, a politikus személyes és ideológiai okokból döntött a távozás mellett – elhatározásában szerepet játszott az, hogy a DK EP-sikere nyomán Strasbourgba távozó Molnár Csaba helyére nem ő, hanem Varju László megy a magyar Országgyűlésbe; de az is, hogy szerinte a DK politikája az elmúlt időszakban „balra” tolódott.
Bauer Tamás a Szabad Kezdeményezések Hálózata (a későbbi Szabad Demokraták Szövetsége) egyik alapítója volt. Az alakuláskor az országos tanács tagjává választották, 1992 és 1995 között, valamint 2002–2003-ban az országos tanács elnökségi tagja volt. 1995–1996-ban, valamint 1998–1999-ben a párt ügyvivő testületében is tevékenykedett.
1990-ben az SZDSZ országgyűlési képviselőjelöltje volt, de mandátumot nem szerzett. Az 1994-es országgyűlési választáson a párt országos listájáról szerzett mandátumot, ugyanezt megismételte 1998-ban. 2002-ben és 2006-ban nem szerzett mandátumot. Egyéni jelöltként Újbudán, illetve Csepelen indult. 1995 és 1998 között frakcióvezető-helyettesként dolgozott.
2007-ben kilépett a pártból az akkori pártvezetés politikája, illetve általa elhibázottnak vélt gazdaságpolitikája miatt. 2011. november 6-tól volt a Demokratikus Koalíció párt alelnöke egészen lemondásáig.
