Miután Maróth Miklóst kinevezték az Eötvös Loránd Kutatási Hálózatot irányító testület vezetőjévé, az ellenzéki sajtó számos interjút és cikket közölt az akadémikusról. Az Index terjedelmes portrét állított össze a klasszika-filológus professzorról, amelyben két régi ügy miatt is támadták. A portál Kádárék tolmácsa, Orbán barátja, a magyar tudomány új vezetője című írásában feleleveníti, hogy Maróth Miklós – megítélésük szerint – kemény szakmai bírálatokat kapott akadémiai nagydoktorija kapcsán. Ennek alátámasztására a Bodnár M. István filozófus által összeállított hibajegyzéket említik, amiről a honlapnak küldött válaszában Maróth Miklós diszkréten csak annyit jegyzett meg, hogy ez a munkája több német és francia egyetemen kötelező olvasmány, és noha a könyvben kizárólag görög és arab szövegeket idézett, az azt bírálók egyike sem végzett sem görög, sem arab szakon.
Bodnár M. István, az ELTE és a CEU tanára a kritikáját a Budapesti Könyvszemlében – egy hazai kiadású, könyvrecenziókat közlő lapban – jelentette meg, amelynek maga is szerkesztőbizottsági tagja. Ennek természetesen a nemzetközi tudományos életben semmiféle relevanciája nincsen. Ezzel szemben Maróth Miklós monográfiáját az a leideni székhelyű Brill kiadó jelentette meg, amely a műfajban az egyik legjelentősebb szakkiadónak számít. Az ő szűrőjükön tehát átment a mű, míg a professzor budapesti ellenlábasaién fennakadt.
A könyv egyébként jelentős idézettséggel rendelkezik, és számos nemzetközi szakfolyóiratban közöltek róla – Bodnáréval ellentétben – pozitív recenziót.

Fotó: MTI/Koszticsák Szilárd
Az ellenzéki sajtóban felidézett másik történet 2004-ből származik, amikor Maróth Miklós az MTA bizottsági elnökeként állítólag – az Index szerzője megfogalmazása szerint – elkaszálta a CEU és magyar egyetemek tervezett közös görög kutatási központját.
Erről a 15 évvel ezelőtti ügyről a portálnak megküldött cáfolatában Maróth Miklós úgy fogalmazott: „A CEU tervezett görög kutatási központját nem világnézeti, hanem szakmai meggyőződésből elleneztem.” Perczel István, a CEU professzora egy publicisztikában mindezt már úgy ferdítette el: Maróth Miklós elismerte, hogy ő és köre akadályozta meg, hogy létrejöhessen a kutatóközpont.