Az egyházfőt Muhammad Ahmad Husszajn jeruzsálemi főmufti kísérte a Szikladómban, ahová a helyi szokásokat tisztelve cipőit levéve lépett be a Szentatya. A Szikladóm a zsidó hagyomány szerint azon a helyen épült, ahol a Föld alapköve fekszik, és ahol az első meg a második zsidó szentély állt az ókorban. A muzulmán hagyomány szerint Mohamed próféta álmában erről a helyről indulva tett látogatást a mennyben, éppen ezen a napon. Az Iszlám Dzsihád bejelentette tiltakozását a pápai vizit ellen.
A látogatáson Muhammad Ahmad Husszajn jeruzsálemi főmufti a pápának azt mondta, hogy szerinte veszélyben a Mecsetek tere és rajta a Szikladóm, mert az izraeliek judaizálni akarják, „az izraeli megszállás a tönkretételére törekszik”. „Béke csak akkor lesz a térségben, ha a felek kölcsönösen tisztelni fogják egymást” – mondta a főmufti.
A pápa megköszönte a meleg fogadtatást és azt mondta, hogy a Szikladóm a muzulmánokat, a keresztényeket és a zsidókat arra emlékezteti, ami közös bennünk, a monoteizmusra, a sok követőre és a gazdag történelemre. „Bárcsak együtt dolgozhatnánk az igazságért és a békéért!” – mondta a pápa a muzulmánok körében. „Bárcsak tisztelnénk és szeretnénk egymást, (...), megtanulhatnánk megérteni a mások szenvedését, bárcsak senki se élhetne vissza Isten nevével erőszakosan!” – tette hozzá.
A hegy tetején tett látogatása idejére kiürítették a Siratófal előtti teret, hogy Ferenc pápa egyedül imádkozhasson az ősi kövek árnyékában. A zsidók legszentebb helyén Smúél Rabinovic, a Siratófal rabbija fogadta a vendéget. Egy modellen megmutatták az ókorban épült első és második szentélyt és benne a Siratófal elhelyezkedését.
A pápa írt az emlékkönyvbe, majd a zsidó hagyomány szerint elhelyezte borítékba rejtett céduláját a két évezredes kövek között. Fejét meghajtva, kezével a köveket érintve rövid imát mondott, hasonlóképpen vasárnapi betlehemi imájához, amelyet – az eredeti napirendtől eltérve – a Ciszjordániát Izraeltől elválasztó biztonsági falnál mondott.
A Vatikán nem közölte, hogy Ferenc pápa cédulájának tartalma nyilvános lesz-e. II. János Pál pápa a zarándoklatán, 2000-ben bocsánatot kért céduláján a keresztények által zsidóknak a történelem során okozott szenvedéséért. XVI. Benedek pedig békét kért a Siratófalnál a keresztények, a muzulmánok és a zsidók számára.
Ferenc pápa a terror és a holokauszt borzalmaira emlékezett a szentföldi zarándoklatának befejező napján. A pápa az óváros szent helyeiről a város nyugati részének állami emlékhelyeire, a Herzl-hegyre hajtatott kíséretével, amelyben jelen van mind Abraham Skorka Buenos Aires-i rabbi, mind Omar Abboud, Argentina muzulmán közösségének vezetője. Ferenc pápa saját kérésére nem golyóálló autóban utazik, védelme érdekében a biztonsági szolgálatok kiürítették az utcákat.
Ferenc pápa vasárnap este a jeruzsálemi Szent Sír-bazilikában I. Bartolomaiosz konstantinápolyi ökumenikus pátriárkával közös imával emlékezett VI. Pál pápa és I. Athénagorasz konstantinápolyi pátriárka ötven évvel ezelőtti történelmi találkozójára.
A Herzl-hegyen Benjámin Netanjahu miniszterelnökkel és Simon Peresz államelnökkel közösen virágot helyezett el a Budapesten született Herzl Tivadar sírján. Herzl sírjának megkoszorúzását Izraelben az ország elismerését jelző gesztusként értékelik, kiemelve, hogy zarándoklaton járt pápai elődei nem keresték fel a zsidó állam megálmodójának és az azt életre hívó cionista mozgalom megszervezőjének, Herzl Tivadarnak a sírját.
Később Netanjahu kérésére az előzetes napirenden kívül a pápa néhány perces tiszteletadással adózott a terrormerényletek áldozatainak emléke előtt egy 1998-ban emelt emlékműnél. A helyi média szerint Netanjahu a vasárnapi betlehemi biztonsági elválasztó falnál tartott váratlan ima miatt kérte az egyházfőt a terroráldozatok emlékművének megtekintésére. Az izraeli miniszterelnök felhívta a pápa figyelmét arra, hogy a terrormerényletek megelőzésére határozták el mintegy tíz évvel ezelőtt a helyenként nyolc méter magas elválasztó fal megépítését.
A Jad Vasem holokauszt-emlékmúzeumba is elkísérték vendégüket Izrael legfőbb állami vezetői. Az intézmény „Emlékezés sátra” nevű épületében a pápa magasabbra lobbantotta az örökmécses lángját, majd két, Izraelben tanuló keresztény diákkal megkoszorúzta a haláltáborokból elhozott hamvak fölé emelt jelképes sírt. Olaszul felolvasták Ida Goldis olasz zsidó nő egykori levelét, majd a pápa kezet fogott hat túlélővel. Köztük volt az újvidéki vérengzésekből megmenekült, majd egy pécsi kolostorban elbújtatott Eva Sík is.
Ferenc pápa beszédében teológiai kérdéseket tett fel. „Ezen a helyen újra halljuk Isten hangját. Hol vagy, Ádám? Nagy gonosz hatolt közénk, amilyen soha korábban. Add meg nekünk a kegyelmet, hogy szégyellhessük az emberek tettét, hogy szégyellhessük ezt a hatalmas bálványimádást” – mondta az egyházfő. „Soha többé, Uram, soha többé” – tette hozzá.
A Jad Vasemben a vendég egy 13 évesen a holokausztban megölt gyermek által festett, „Ima” című kép másolatát kapta ajándékba, majd a lezárt, kihalt utcákon a város szívébe utazott találkozóra Izrael askenázi és szefárd főrabbijával.
