A Közép-európai Egyetem indulása több településen is meghiúsult. Az Átlátszó az érintettek visszaemlékezéseiből összeállított cikkéből kiderül, hogy sokáig napirenden volt a későbbi CEU Pozsonyba költöztetése, az intézmény számára a későbbi szlovák parlament épületét nézték ki. Végül hosszas ígérgetések, jobboldali kormányalakítás és megfelelő épület megtalálásának meghiúsulása miatt a CEU nem Pozsonyban kezdte meg okítani a fiatalokat.
Sőt a cikk egy akkori felvidéki magyar politikus, Szigeti László visszaemlékezésére hivatkozva azt írta, Sorost egy általa is megtekintett, a parlamentnél tartott, antiszemita hangvételű tüntetés is eltántoríthatta attól, hogy a szlovák fővárosba vigye az egyetemet. Az ellene tüntetők egyébként nem ismerték fel.
Az intézmény honlapja szűkszavúan fogalmaz: „A CEU alig több, mint 100 hallgatóval kezdte meg működését 1991-ben. A Prágában tanuló első évfolyamok hallgatói 20 különböző, elsősorban közép- és kelet-európai országból érkeztek”. Az Átlátszó szerint Václav Havel elnök és Petr Pithart miniszterelnök átvette a kezdeményezést Pozsonytól, a cseh kormány felajánlott egy épületet – a szakszervezeti székházat – Prágában, 1991 tavaszán elindult az oktatás. Amelyet egyébként akkreditáció nélkül kezdtek meg. Eközben Budapesten az Antall-kormány a Metalimpex Nádor utcai székházát „adósság-ingatlan” csereügylet keretében engedte át a későbbi CEU-nak, így itt is megkezdték a tanítást 1992 őszén.
„Az Egyetem 1993-ban költözött Budapestre” – ezt szintén a CEU honlapja írja. Azzal kapcsolatban, hogy mi késztette költözésre a CEU-t, kutakodásaink során két variációt ismertünk meg, de a lényeg ugyanaz: a prágai szakszervezeti székházban működő egyetem anyagi okokból volt kénytelen elhagyni otthonát. Soros György a megnövekedett bérleti/megvételi díj miatt döntött arról, hogy az egyetem nagyját (a varsói kart kivéve), a könyvtárral együtt Budapestre költözteti. Az Átlátszó szerint ezzel egy időben a Sorost nem szívelő Václav Klaus akkori jobboldali miniszterelnök is negyedére csökkentette az egyetem prágai részlegének állami támogatását.