Bár logikusnak tűnik, hogy a nyomtatási és terjesztési költségek megspórolásával az elektronikus könyveknek lényegesen olcsóbbnak kellene lenniük, a kiadók árazási politikája mellett több tényező is szerepet játszik abban, hogy ez nem így van. Az egyik, hogy az e-könyvekre jóval magasabbak a jogdíjak – ennek oka a kalózkodás, amire még mindig nem sikerült kielégítő megoldást találni. Az elektronikus könyveket ugyanis nyilván sokkal egyszerűbb különböző fájlmegosztó oldalakra feltölteni, mint egy nyomtatott könyvet. A kiadók különböző „puha” és „kemény” másolásvédelmi technikákkal próbálkoztak az elmúlt években: előbbire példa az egyes eladott elektronikus példányok vízjelzése, aminek inkább egyfajta elrettentő hatása van.
Tóth Viktor és Velkei Zoltán úgy látja, a kiadók ebben a helyzetben csak annyit tehetnek, hogy folyamatosan felszólítják a feltöltőket, hogy fejezzék be a tevékenységüket, mert megkárosítják vele a kiadókat; vagy polgári peres úton, szerződésen kívüli károkozásért lehet a feltöltőkkel szemben kártérítési igényt érvényesíteni. A másik probléma pedig az áfa. Míg a legtöbb európai országban a nyomtatott könyvekre kedvezményes áfakulcsok vonatkoznak, addig az e-könyvek különböző döntések nyomán nem könyvnek, hanem elektronikus szolgáltatásnak számítanak. Így például Magyarországon az ötszázalékos áfakulcs helyett a huszonhét százalékos kulcs vonatkozik rájuk. Az Európai Tanács jelenleg is tárgyal egy ezzel foglalkozó indítványt, ami engedélyezné a kedvezményes adókulcsot az elektronikus könyvekre. Velkei Zoltán szerint azonban nem ilyen egyértelmű a helyzet: mivel a jelenlegi szabályozások (magas áfa) és szokások (magas jogdíj) miatt nagyon kis összeg marad a kiadónál egy e-könyv értékesítése után, ezért valószínűnek tartja, hogy az áfa 5 százalékra csökkenésével az e-könyvek ára nem csökkenne, vagy legalábbis nem arányosan. Tóth Viktor szerint az ár javulna ebben az esetben, de leginkább az lendíthetné tovább a keresletet, ha a kínálat a print könyvekhez hasonlóan széles lenne: magyarul az, hogy amit a vevő megtalál nyomtatott formában, az elektronikusan is megvásárolható lenne. Csordás szerint az áfakulcs változása éppen ezt segítené elő: növelné a kiadók hajlandóságát, hogy nagyobb figyelmet fordítsanak erre a szegmensre is, hiszen még mindig vannak nagy kiadók, akik nem jelentetik meg elektronikus formában könyveiket, de a már „aktív” kiadók is magasabb fokozatra kapcsolnának.
