A rendező ezt követően az Assisi Szent Ferenc életét feldolgozó Napfivér, Holdnővérrel jelentkezett, amely megosztotta a kritikusokat és a nézőket is. A kezdeti sikerek innentől kezdve egyre inkább elkerülték Zeffirellit, akinek műveit egyre többször jellemezték giccsként (bár a Jane Eyre, a Tea Mussolinivel vagy a Mel Gibson főszereplésével készült Hamlet a jobban sikerült alkotások közé sorolható), viszont operafilmjeit (Traviata, Bajazzók, Parasztbecsület, Otello) komoly elismerések övezték. Utolsó filmjét 2002-ben mutatták be: a Mindörökké Callas a díva utolsó éveinek részben fiktív eseményeit dolgozza fel.
Magánéletéről viszonylag keveset lehet tudni. Ő maga 2006-ban megjelent önéletrajzi könyvében vallotta be homoszexualitását, és hogy Viscontival is kapcsolatba bonyolódott az Érzelem forgatásán. Két fiút is örökbe fogadott, egyikük épp a közelmúltban kelt apja védelmére, akit azzal vádolt meg egy színész, hogy a rendező az Egy apáca szerelme forgatása közben szexuálisan megkörnyékezte őt. Az idős Zeffirelli tavaly nyáron tüdőgyulladás miatt a kórházat is megjárta, éppen akkor, amikor Firenzében megnyílt a róla elnevezett és hagyatékát őrző múzeum és kulturális központ. Dario Franceschini kulturális miniszter akkor „az olasz művészet és szépség nagykövetének” nevezte a rendezőt.
