Eltűnésének pillanatait térfigyelő kamera rögzítette, a felvétel az internetre is felkerült. A Köpcös bandája a börtön alá 170 centiméter magas, 80 centiméter széles, világítással és szellőzőrendszerrel ellátott alagutat fúrt, amelynek bejárata a zuhanyzóból nyílt. A felvételen sín és egy motoros kocsi is látszik, amellyel a kiásott földet és végül a bandavezért szállították el a járatból. Nyilvánvaló, hogy lefizették az őröket és a helyi rendőrfőnököt is, aki csak később kezdte kerestetni a rabot.
El Chapo hét hónapig volt szökésben, majd akciófilmbe illő lövöldözést követően fogták el mexikói tengerészgyalogosok Kaliforniában. Amennyiben a bíróság a tizenhét vádpont közül csak egyben is bűnösnek találja, életfogytiglani börtönbüntetést szabhat ki rá. Halálbüntetés viszont nem fenyegeti, mert Mexikó csak ezzel a feltétellel adta ki a hírhedt bűnözőt az Egyesült Államoknak.
