Hősünk Isaak Eduard Schnitzerként, német zsidó szülők gyermekeként látta meg a napvilágot a sziléziai Oppelnben (ma Opole, Lengyelország) 1840. március 28-án. A család két évvel később költözött Lengyelországba, ahol újabb három év múlva elhunyt a kereskedelemben dolgozó családfő, Ludwig. Schnitzer édesanyja, Pauline ezt követően egy nem zsidó férfihoz ment hozzá, s akkor még nem sejtette, hogy ezzel a kis Eduard kalandos életét is megalapozta. A család ugyanis evangélikus hitre tért, az ötéves fiú az Eduard Carl Oscar Theodor Schnitzer nevet kapta a keresztségben, majd a The Daily Beast cikke szerint a német nacionalizmus és a nyugati humanizmus bűvkörében nőtt fel, mire egyetemi tanulmányait elvégezte Breslauban (ma Wroclaw, Königsbergben (ma Kalinyingrád) és Berlinben. Egyébként orvosnak tanult, de sosem praktizált Németországban, mivel nem tett le egy olyan vizsgát, amellyel megszerezte volna az engedélyt a gyógyításhoz.
Ehelyett gyerekkori vágyának, az utazásnak szentelte további életét. Isztambulba, az akkor még a Balkánon hídfőállásait büszkén tartó Oszmán Birodalom fővárosába indult, hogy munkát találjon. Végül Antivariban (ma Bar, Montenegró) járva elfogyott a pénze, így itt szerzett praxist – távol a német hatóságok akadékoskodásaitól. Miközben itt melózott – a kikötővárosba érkező bevándorlókat helyezte és kezelte karanténban –, megtanult törökül, görögül és albánul is. Schnitzer 1870-ben Hajrullah Efendinek kezdte nevezni magát, és munkát váltott a Haaretz cikke szerint: az Oszmán Birodalom észak-albániai tartományának főnökénél, Iszmail Hakki pasánál kezdett dolgozni – miközben a pasa feleségén is „dolgozott”. A pasa három évvel későbbi halálát követően Iszmailnét és gyerekeit Schnitzer magával vitte Németországba, ahol saját családjaként mutatta be őket – hogy itt ezután mi történt, nem tudni, csak annyit, hogy Hajrullah Efendi 1875-ben visszatért a muszlim világba: Egyiptomba távozott.
Előbb Kairóban, majd Kartúmban (ma Dél-Szudán) élt, valószínűleg áttért az iszlámra – erre vonatkozóan nincsenek bizonyítékok –, és innentől kezdve Mehmet Eminként mutatkozott be. Charles George Gordon főkormányzó – alias Gordon pasa – főorvosaként kezdett Kartúmban, majd diplomáciai missziókat teljesített lugandanyelv-tudásának köszönhetően, végül elég hamar, 1878-ban eljutott az Equatoriának nevezett tartomány (ma Dél-Szudán déli és Uganda északi része) kormányzói szintjéig.
Bejként (régiesen: bégként) hódolt az európai utazók szenvedélyének: felfedezőként különféle növényeket és állatokat gyűjtött, amelyekből európai múzeumoknak is küldött, jó kapcsolatokat szerezve Nyugaton. Emellett elég hatalma lett ahhoz, hogy harcoljon a térségben elterjedt rabszolgaság ellen. Egy Eminnel baráti viszonyt ápoló olasz utazó, Gaetano Casati ezzel kapcsolatban azt írta, hogy az arabok úgy kezelték a más vallású helyieket, mint az állatokat, „Egyiptom és Zanzibár emberi húspiac volt” ekkoriban.
1882-ben azonban kitört a Mahdi-felkelés, amelynek során egykori magyar és bosnyák janicsárok leszármazottai, a magyarábok is harcoltak az akkor már brit „segítséggel” működő Egyiptomban és Equatoriában. A felkelés következtében az egyiptomiak feladták Equatoriát, és 1886-ban közölték Eminnel, hogy innentől ő a pasa. Korlátlan hatalommal rendelkezett, és a lehetőséggel, hogy angol fennhatóságú területen húzza meg magát. Igazgatta hát tovább tartományát Emin pasa, aki a Mahdi-felkelés egyik fő ellenségévé lépett elő, és sorsáról semmit sem tudtak egyre inkább aggódó nyugati barátai. Ez nyugtalanította a briteket, akik Henry Morton Stanley felfedezőt és közel négyszáz katonát küldtek a mai Dél-Szudánba, hogy felkutassák a kalandort.
Az 1887-ben indult expedíció célja Stanley szerint nem katonai volt, nem harcolni mentek a térségbe, hanem hogy megmentsék Emin pasát. II. Lipót belga király által felajánlott gőzhajókon hajóztak fel a Kongó folyón, és áthatoltak az Ituri-esőerdőn. Végül másfél évvel az indulás után, az Albert-tó partján találtak rá a keresett személyre – ekkorra Stanley katonáinak már a kétharmada elhunyt különféle járványok és támadások következtében. A pasa örült, hogy a felfedező rátalált, főleg azért, mert így megcsappant készleteit is feltölthette, ám távozni nem akart. Stanley jelenléte azonban lázadást szított a helyiek között Eminnel szemben – el is fogták saját katonái a pasát, aki végül 1889-ben a felfedezővel tartott az Indiai-óceán partjára. A megérkezésükre rendezett bagamoyói ünnepségen történt, hogy betörte a koponyáját, amikor részegen kilépett egy második emeleti ablakon, amelyről azt hitte, hogy egy erkélyre vezető ajtó. Két hónapot töltött kórházban, Stanley eközben hazatért.
Az egykori pasa nem maradt sokáig munka nélkül: a 19. század végi gyarmatosítás korának egyik szereplője, a Német Kelet-afrikai Társaság szolgálatába állt. Feladata az volt, hogy a német fennhatóság alá került Viktória-tó és Albert-tó közötti területen a lakosság tudtára adja, ki az új úr a környéken, és minél inkább csökkentse az arabok befolyását. 1890-ben expedícióra indult, és annak ellenére haladt tovább s tovább, hogy július elsején az Egyesült Királyság és Németország egyezsége értelmében a terület a brit koronához került. A korábbi pasa utasításokat tagadott meg, így megbízatását visszavonták a németek, Emin pedig továbbállt.
1892-ben már Kongóban járt, ahol egyre kevésbé nézték jó szemmel az európaiakat. Október 23-án vagy 24-én két arab rabszolga-kereskedő Nyangwe közelében megölte az akkor alig 52 éves, kozmopolita, különböző tradíciókat elegyítő német zsidót, aki Afrikában, muszlimként jutott a csúcsra. Érdekesség, hogy a keresztény fekete-afrikaiak rabszolga-kereskedelme ma is zajlik, egy szudáni antropológus, Jok Madut Jok 2001-es szavai akár Emin pasa idejéből is származhatnának: „Az arab rabszolga-kereskedők bőrszín, származás és vallás alapján választják ki áldozataikat.”
