Néhány becslés szerint a part menti bányászatból és a mezőgazdasági termelésből eredő szennyeződés a zátony korallfelületének mintegy felét elpusztította, ezeket az adatokat azonban sokan erősen vitatják.
Az UNESCO mindenesetre aggódik a tervezett part menti munkálatok, köztük a kikötőépítések és a földgázkitermelő beruházások miatt. A nemzetközi szervezet döntése szerint az ausztrál kormánynak február 1-jéig kell benyújtania egy aktualizált jelentést arról, mit tesz annak érdekében, hogy megóvja a páratlan természeti képződményt az ipari, bányászati tevékenység következményeitől.
Az ausztrál kormány múlt héten kiadott jelentése szerint a zátony térségében csökkent a lerakódó üledék mennyisége, és a kíméletesebb földművelésnek hála 28 százalékkal visszaesett a korallzátonyt szennyező növényvédőszer-maradványok mennyisége. Greg Hunt környezetügyi miniszter szerint Ausztrália évente nagyjából 170 millió dollárt költ a Nagy-korallzátony védelmére és rehabilitációjára.
