A kommunista államokkal való kapcsolattartás módját kialakító vatikáni keleti politika fontos dokumentumát a Szentszék részéről a Vatikán Rendkívüli Egyházi Ügyek Kongregációjának titkárhelyettese, Agostino Casaroli, a Magyar Népköztársaság képviseletében pedig Prantner József, az Állami Egyházügyi Hivatal elnöke írta alá. A Szentszék kényszerhelyzetben volt, hiszen a magyar egyházkormányzat működése teljesen ellehetetlenült azzal, hogy a kommunista hatalom 1950 óta nem járult hozzá püspökök és segédpüspökök kinevezéséhez. XII. Piusz pápa úgy vélte, hiba lenne a kommunista magyar hatalommal egyezkedni, s mivel bármiféle megállapodásra a másik félnek sem volt szüksége, a két sikertelen 1950-es segédpüspöki kinevezés után a Szentszék 1959-ig nem is próbálkozott újból. Persze a Kádár-kormány éppúgy elutasította Belon Gellért és Winkler József kinevezését, mint ahogyan Rákosi idejében sem fogadták el Bárd Jánosét és Endrey Mihályét.
Ugyanakkor a kommunista magyar tárgyalódelegáció igyekezett erősíteni a szentszéki küldöttségben azt az érzetet, hogy elsősorban a Vatikán érdeke a megállapodás aláírása. Pedig a Kádár-kormánynak volt fontos, hogy a koncepciós perben elítélt, megkínzott és börtönbe zárt, majd 1956-tól az amerikai követségen élő Mindszenty József minél kevésbé zavarja a Nyugatra szánt konszolidálódó Magyarország-kép kialakítását.
És az egyház szétzilálása miatt igen lényeges volt a forradalmi munkás-paraszt kormány számára a kiközösített békepapok ügye is: 1956-ban a püspökök sorra mentették föl az Állami Egyházügyi Hivatal által környezetükbe helyezett, kompromittálódott békepapokat, az esztergomi érsek pedig a békepapi mozgalom tizenegy vezetőjét azonnali hatállyal eltiltotta minden közéleti és egyházi tevékenységtől.
Ezek mellett a tárgyalások során még több más vitatott kérdés is felmerült, a letartóztatott és bebörtönzött papoktól kezdve a római Pápai Magyar Intézet sorsáig. Természetes, hogy mindazok, akik Magyarországon a kommunizmus évtizedeiben üldöztetést szenvedtek és áldozatot hoztak az egyház tisztaságának megőrzéséért, úgy érezték, a részleges megállapodás megkötése és a mind jobban körvonalazódó új vatikáni Ostpolitik személyes áldozataiknak a semmibe vétele, netán elárulása.