A vesztes kápolnai csata után, az 1849. március 3-ai tiszafüredi zendülésben Guyon egyedüli főtisztként állt a lengyel Henryk Dembinski mellé, válaszul a fővezérré kinevezett Görgey négy nap múlva feloszlatta Guyon hadosztályát. Kossuth a branyiszkói győzőt március 15-én vezérőrnaggyá és az osztrákok által körülzárt Komárom várparancsnokává nevezte ki, de Guyon csak április 20-án, magát az ostromgyűrűn átvágva tudott bejutni.
A várat mindaddig megvédte, amíg megérkezett a felszabadító sereg, de ellentétbe került a katonai és a polgári vezetéssel, ezért Görgey május 28-án felmentette. A sértett Guyon kérte a leszerelését, de Kossuth meggyőzte, hogy a déli hadszíntéren folytassa szolgálatát. Július 1-jén elfoglalta Aradot, július 14-én Kishegyesnél győzelmet aratott a horvát Jellasics József csapatai fölött, a Titeli-fennsík elleni támadása azonban július 23-án kudarcba fulladt.
A hónap végén csatlakozott a Szeged környékén összevont magyar főerőkhöz. Augusztus 3-án Ókécskénél meghiúsította az ellenség átkelését a Tiszán, de két nap múlva már vissza kellett vonulnia. Az augusztus 9-ei temesvári csatában Bem József sebesülése után rövid ideig ő volt a magyar sereg főparancsnoka. A szétzilálódott sereget azonban nem sikerült összefognia, és augusztus 17-én Bemmel együtt emigrált.
Guyont Kossuth október 28-án Vidinben altábornaggyá léptette elő, miközben Pesten az osztrák hadbíróság in effigie (távollétében) halálra ítélte. A tábornok áttért a muzulmán hitre, és Kursid pasa néven török szolgálatba lépett. Damaszkuszban 1850-ben elfojtott egy felkelést, és úrrá lett egy aleppói zendülésen is. Az 1853-ban kitört krími háborúban az anatóliai török csapatok vezérkari főnöke volt, ő dolgozta ki az 1854. augusztusi kuruderei ütközet haditervét, amelyet a törökök a csapatok fegyelmezetlensége és a tisztek alkalmatlansága miatt elvesztettek. 1855-ben Iszmail pasával, azaz Kmety György honvédtábornok társával együtt védték az oroszok ellen a karszi erődöt, annak feladása után átvágták magukat az ostromlókon.
Guyont udvari intrikák nyomán leváltották, 1856. október 11-én mérgezés vagy ételmérgezés miatt halt meg Isztambulban. A Haydarpasa temetőben található sírjának magyar felirata így szól: „Itt nyugszik Guyon Richard gróf, Török Fő-tábornok, Frankhon ivadéka, Angolhon szülöttje, Magyarhon vitéze”.
