Harminchárom éves volt, amikor egy súlyos ízületi gyulladás miatt hajlíthatatlanná vált a jobb térde (férjétől kapott gonorrhoeás fertőzés szövődményeként). Ő, aki imádott sétálni, s aki azt vallotta, hogy minden fájdalmat és keserűséget kijárhatunk magunkból, mert a séta mindenre gyógyír, onnantól kezdve bicegve, bottal járt; fiatalos szépsége pedig eltűnt.
„Itt állok munka nélkül, betegen, egyetlen fillérem sincs, még vacsorát sem tudok venni magamnak” – írta egy 1937-es levelében. A kommunizmusból kiábrándult (nem értett egyet az irodalom és a művészet ideológiai gleichschaltolásával), a nacionalizmust zsákutcának tartotta („cseh vagyok, de elsősorban rendes ember szeretnék lenni”).
Cikkeiben olyan Közép-Európáról álmodott, ahol békében élhetnek egymás mellett a szlávok, a németek, a zsidók és a magyarok. A Szudéta-vidékre utazott, riportokat írt a Prítomnost (Jelenlét) című lapnak arról, ahogy Konrad Henlein üresfejű, de magabiztos fiatal gárdistái egyenruhában, „nemzetiszocialista kosztümben” parádéznak az észak-csehországi városok utcáin, harsányan siegheilezve.
Lapját a német megszállás után betiltották, de Milena nem hallgatott el, a földalatti mozgalom tagja lett, illegális újságot szerkesztett, szervezte a cseh ellenállást. „Veszíteni? Dehogy fogunk veszíteni! Legfeljebb meghalunk, de nem veszítünk” – írta. A menekülést árulásnak érezte volna, nem akarta cserben hagyni olvasóit, Prágában maradt. Csak idő kérdése volt, mikor csap le rá a Gestapo. Végül kelepcébe csalták, egy barátja lakásán vártak rá, s egy drezdai börtönbe szállították (ahol harminc kilót fogyott), de fogva tartói alighanem fölösleges luxusnak tartották számára a szalmazsákot és a magánzárkát is, ezért az áthelyezése mellett döntöttek.
Milena Jesenská a ravensbrücki koncentrációs táborban halt meg 1944 tavaszán, negyvenhét évesen.
