Jelentős anyagi gondokkal küszködik az 1989-es rendszerváltás után Romániában elsőként alapított önálló magyar felsőoktatási intézmény. A Tőkés László volt királyhágómelléki református püspök által 1990-ben létrehozott Sulyok István Református Főiskola jogutódjának számító nagyváradi Partiumi Keresztény Egyetemen (PKE) tapasztalható hiányosságok és szabálytalanságok átfogó vizsgálatok után, októberben kerültek nyilvánosságra. A PKE stratégiai irányító és ellenőrző testületeként működő alapítók tanácsa az átvilágítás nyomán az elmúlt évi gazdálkodásban és pénzügyvitelben bukkant rendellenességekre, mindemellett az utóbbi évek folyamán a tanintézet jelentős adósságokat is felhalmozott. Kiderült, a gondok régebbi keletűek, emiatt az alapítók az aggasztó helyzet tisztázására már idén tavasszal külső könyvszakértői kivizsgálást rendeltek el. Sőt a hiányosságok észlelése nyomán az erdélyi magyar felsőoktatásra szánt magyar állami támogatásokat kezelő Sapientia Alapítvány átvette a PKE pénzügyi tevékenységének ellenőrzését, és ettől a tanévtől a magyar állami pénzeket csak az alapítvány jóváhagyásával költheti el a nagyváradi egyetem.
Az 1999-ben alakult, a bukaresti oktatási minisztérium szakhatósága által 2008-ban akkreditált intézmény nem közölt részleteket a válság pontos okairól. Viszont a Krónika erdélyi napilap birtokába került adatok szerint az egyetem az elmúlt hat évben mintegy 245 millió forintnak megfelelő adósságot halmozott fel. A lap úgy tudja, a költségvetési hiány jelentős részét az okozta, hogy a tanintézet tizennégyszer pályázott a Magyarország–Románia Határon átnyúló együttműködési program (HURO) keretében, ezek a projektek pedig pénzügyi szempontból ráfizetésnek bizonyultak. A pályázatokon való részvételhez szükséges önrész fedezésére az egyetem hitelt vett fel az OTP Romániától, a HURO-projektek késedelmes elszámolása miatt azonban nem tudta tartani a kölcsön visszafizetésére vállalt ütemtervet. De nemcsak a bankkölcsön törlesztése okozta a hiányt a tanintézet költségvetésében, hanem az is, hogy a kiadások meghaladták a bevételeket; 2012-ben a legnagyobb mértékben, 110 százalékkal. Mivel a román állam a mai napig nem szállt be az önálló erdélyi magyar felsőoktatás finanszírozásába, a Sapientia Erdélyi Magyar Tudományegyetemhez hasonlóan a PKE jövedelmében is a magyar állami támogatás jelenti a legnagyobb tételt. Lapunk úgy tudja, a nagyváradi egyetem 2009-ben mintegy 210 millió forint támogatást kapott a magyar államtól, a finanszírozás pedig 2011-től napjainkig évi mintegy 660 millió forintra nőtt. Különben a tanintézet jövedelmének több mint nyolcvan százalékát a külső finanszírozás teszi ki, az adományok és a gazdasági tevékenységből származó jövedelem pedig a bevétel kevesebb mint egy százaléka alatt marad.