A ma Apáczai Csere János nevét viselő líceum múltja visszanyúlik a XVII. századi kolozsvári református oktatás kezdetéig. Közvetlen elődjének a Református Lányfőgimnáziumot tekinthetjük, amelynek létrehozását 1898-ban határozta el az Erdélyi Református Egyházkerület.
Az Erdélyi Református Egyházkerület közgyűlése 1899 novemberében úgy határozott, hogy kétszáz tanuló számára református leányiskolát és száz tanuló számára leányinternátust hoz létre. 1914-ben az egyház újabb határozatot hozott, hogy a reformáció 400 éves ünnepére, azaz 1917-re felsőbb leánynevelő intézetet létesít.
1917 tavaszán erre a célra a Magyar utca és a Zsidótemplom (Papp, jelenleg Paris) utca sarkán vásároltak telket, de ezt a román kormány elvette az egyháztól. Így az intézet megnyitását el kellett halasztani, de a tanítóképzőt már abban az évben létrehozták Nagyenyeden. A kolozsvári intézet csak 1919. október 1-jén tudta elkezdeni működését. Az 1919-1920-as tanévre 324 tanuló iratkozott be, az izraelitákat magántanulóként vették fel.
A következő évben már több mint ötszáz tanulót vettek fel. Mivel a közoktatási hatóság csak két tanévre adta meg a gimnáziumnak a közintézményi jogot, az 1922–1923-as tanévtől kezdve az iskola növendékeinek évente vizsgát kellett tenniük egy állami bizottság előtt. Az intézkedés miatt a diáklétszám háromszáz alá csökkent. Az intézet 1928. április 28-án a Nevelésügyi Minisztérium Magán-, Kisebbségi és Felekezeti Igazgatóságának 161. számú jogosítványával visszanyerte közintézményi jogát.
Az első években a református fiúgimnázium épületében folyt az oktatás, majd 1926–1927-ben a gimnázium saját épületet kapott. Az épületet Moll Elemér tervezte, Viola Kornél mérnök-vállalkozó kivitelezte, és 1927. január 8-án Makkai Sándor püspök avatta fel.
1948-ban, az egyházi iskolák államosítását követően az intézmény 3. számú Leánylíceum néven működött. 1955-től bevezették a koedukált oktatást. 1977-ben megszűnt a középfokú képzés, és az iskola általános iskolaként működött. 1990-ben az iskola visszaszerezte középiskolai rangját, 1991-től tanítóképzés is folyik itt. 1993 szeptemberétől az intézmény felvette Apáczai Csere János nevét.
