Ezután rendkívül gyorsan következtek, folytak egymásba az események, de a jelenlévők néhol ellentmondásos beszámolóiból kikövetkeztethető, mi is történt. Az ifjú Pálffy Sándor a püspökhöz fordult, annyit mondva neki, hogy „nincs az almáspincében egy pap sem, az ott lévő nőket se hagyjuk magukra”. Apor a tanácsot megfogadva azonban hiába próbált feljutni, a kapitány elállta az útját. Nagyjából ebben a pillanatban női segélykiáltás hasított a levegőbe, mire a püspök Cseh Sándor szerint „erélyesen próbálta az útját elálló kapitányt félretolni, hogy felmehessen a lépcsőn segítséget nyújtani. A kapitány szertartásosan fenyegető jelleggel lépett hátrafelé egy-két lépést, közben jobb kezével hátranyúlt a farzsebéhez vagy az oda felszíjazott táskához. Onnét kiemelte a pisztolyát. Még hallottam, amint mindkét kezét a zubbonya alatt tartva élesre, lövésre készre állította fegyverét. A következő pillanatban már jobb kezét kinyújtva, abban tartva pisztolyát célzott is a püspökre és ránk, akik mögötte, mellette szorongtunk. Hogy e sorokat le tudom írni, hogy életben maradtam, egyedül a hős lelkű püspöknek köszönhetem.” Váratlan dolog történt ugyanis. Apor a másodperc törtrésze alatt a kapitány mellett termett, s a meglepett tisztet határozott mozdulattal karon ragadta, majd a lépcső felé fordulva elkezdte felfelé tuszkolni, miközben dörgő hangon kiáltotta: hinaus, hinaus, kifelé! Őket a géppisztolyos kiskatona követte. Amint fölértek az úgynevezett almáspincébe, a püspök visszafordulva a bent lévők védelmében becsapta az óvóhely vasajtaját. A többiek, elöl Zágon irodaigazgatóval – őt a fiatal Pálffy Sándor és Cseh Sándor követte – megindultak Apor Vilmos után. Abban a pillanatban, amikor Zágon és Pálffy kiért, eldördültek a lövések. Pálffy emlékei szerint a püspök „az előtte álló oroszokat vállával ki akarta tolni az ajtón. Erre az orosz először a levegőbe lőtt, majd rögtön utána Püspök urat meglőtte. [ ] Láttam Püspök urat összeesni, segítségére siettem, mire engem is meglőttek.”
Pillanatok alatt összesen kilenc lövés dördült. „Az egyik, talán az első golyó – említi Cseh Sándor – a püspök magasba tartott jobb karjába hatolt be alulról. Azért tartotta magasba a karját, mert azzal mutatta a kijáratot [a kapitánynak]: arra távozzék.” A második a jobb szemöldöknél érte el a bőrt, pár centis barázdát hasítva Apor Vilmos homlokába. A harmadik, a halálos lövés a reverendán keresztül, átszakítva a vékonybelet, megsebezve a májat a hasüregbe hatolt. Pálffy Sándort a jobb könyökén, a térdén és az alsó lábszárán érte a golyó, négy a mennyezetbe fúródott, ma is látható a helyszínen berendezett emlékmúzeumban.
Honnan jött az eseményeket felgyorsító segélykérő sikoly? Abban az időben, amikor a püspök a légópincében farkasszemet nézett a kapitánnyal, Luzsénszky Erzsébet négy-öt fiatal lánnyal a mosókonyhában tartózkodott. „Hozzánk is lejött több orosz, s robotit kiabálva kizavartak a mosókonyhából. Mi szó nélkül kirohantunk, magam az almáspincébe mentem, a többiek valószínűleg a nagy óvóhelyre menekültek.”
Nem mindenki jutott ki azonban. A közeli konyhafeljáróban bújt meg az akkor tizennégy éves Gyenes Mária (Maléter Pál özvegyének, Gyenes Judithnak a nővére) és legidősebb leánytestvére. „Amikor megláttak minket, ránk parancsoltak, hogy feküdjünk le – idézte fel a pillanatot Gyenes Mária. – Mi le akartunk menni az óvóhelyre, de az egyik elállta az ajtót, majd megfogta a csuklómat, rám fogta a revolvert, s az udvar felé nyíló ajtóhoz akart vinni. Nagymama fennhangon kiabált segítségért, mire az egyik géppisztolyos orosz őt lefogta. Mi ki akartuk szabadítani magunkat kezükből.” Erre a kiáltozásra figyelt fel a püspök. Amikor az oroszok meghallották a lövéseket, otthagyták a két lányt, és elmenekültek. Őket is tehát, akár a többieket, a püspök lélekjelenléte mentette meg az erőszaktól.
A fegyverropogást követően valamennyi szovjet katona egy pillanat alatt eltűnt. Apor Vilmos a súlyos sérülések ellenére állva maradt, „az aula igazgatójára és titkárára támaszkodva még saját lábán ment le a nagy pince boltíves bejáratáig – emlékszik vissza Pálffy Ilona. – Ott éppen rávilágított az egyik reflektor. Homlokából folyt a vér. A menekültek közül egy asszony fölkiáltott: »Püspök atyánk, ezt érettünk tette!« A püspök halkan, de mosolyogva felelte: »Szívesen, nagyon szívesen!« – majd összecsuklott. Papjai fölfogták és hordágyra fektették.” Az incidens után az oroszok elkerülték a pincét, többé nem próbálkoztak erőszakoskodni. A püspököt petróleumlámpa fényénél még aznap éjjel megműtötték a városi kórházban.
Még két napot élt. Nagyszombaton javult az állapota, meggyónt, megáldozott. Húsvétvasárnap délutánján felszökött a láza, a hashártyagyulladást az orvosok nem tudták megfékezni. Halála előtt néhány órával felajánlotta szenvedéseit papjaiért, híveiért, az ország vezető embereiért és ellenségeiért. Április 2-án, húsvéthétfő hajnalán halt meg.
Az elhunyt főpásztort másnap szállították vissza hordágyon a püspökségre papi kísérettel. A menet útközben kozák katonákkal találkozott. Vezetőjük gyanakodva libbentette föl a leplet, amely alól előtűnt Apor Vilmos arca. A váratlan látványtól megrendült lovastiszt ijedten kapta le a sapkáját.
Apor püspököt 1986. május 23-án, szinte titokban temették újra a székesegyházban, miután kései utóda, a békepapság egyik legismertebb reprezentánsa, a rendszerváltozás után lemondatott Pataky Kornél püspök kijárta az engedélyt az Állami Egyházügyi Hivatalban. II. János Pál 1997. november 9-én avatta boldoggá.