Apor Vilmos eltemetése a győri székesegyházban – kizárólag közegészségügyi szempontból – nemkívánatos. Mivel pedig az exhumálás a hivatkozott törvény szerint „veszélyes járvány fellépéséhez és terjedéséhez” vezethet, Gőcze Géza megbízott polgármester (egyben kommunista kerületi titkár, később a helyi Fehérnemű Ktsz igazgatója) a püspök földi maradványainak kért újratemetését 1948. november 20-i határozatában megtiltotta. A mártír főpásztor porhüvelye így ideiglenes nyughelyén, a karmeliták templomában maradt. Az ottani kripta rejtette egyébként a püspökvár értékesebb kegytárgyait is, ám erről a párt bizalmát élvező városvezető nem tudott.
Gőcze Gézának jó oka volt rá, hogy a kommunista hatalomátvétel hajnalán megakadályozza a szent életű, az akkor kötelezően felszabadítóként tisztelt szovjet katonák által meggyilkolt püspök november 23-ára tervezett ünnepélyes, éjszakai virrasztással kezdődő, Mindszenty hercegprímás által celebrálandó újratemetését s ezzel egy új – kétségtelenül rendszerellenes ízzel is rendelkező – kultuszhely kialakulását. A tiltást belügyi alkalmazottak továbbították az utódfőpásztornak, Papp Kálmánnak, Győr utcáit pedig, megakadályozandó a tüntetéseket, mintegy kétszáz állambiztonsági ember szállta meg, miközben – a diktatúrákra jellemzően túlbiztosítva az akciót – a karmelita templom és a székesegyház között az úttestet csőszerelésre hivatkozva feltörték. Az egyház elleni propaganda hónapok óta egyre erősebb fordulatszámon dübörgött: 1948 nyarán a kormányzat a politikailag hajlékony, akkor éppen névleg kisgazdapárti Ortutay Gyula vallás- és közoktatásügyi miniszter közreműködésével államosította az egyházi iskolákat. Hamarosan megkezdődött a munka nélkül maradó tanító rendek zaklatása, rendházaik államosítása. A protestáns egyházakat együttműködési szerződéssel alárendelt helyzetbe kényszerítették, bíróság előtt hurcolták meg D. Ordass Lajos bányakerületi evangélikus püspököt. Közben megtörténtek az előkészületek a hercegprímás lefogására, a reakciós, fasiszta, feudális szellemű „mindszentyzmus” (a korabeli sajtó legalábbis így beszélt róla) gyökeres kiirtására. Egy nappal az Apor püspök újratemetését megtiltó döntés előtt tartóztatták le az esztergomi érseki titkárt, Zakar Andrást. Mindszenty bíborosra karácsony második ünnepén került sor.
Talán kis híja, hogy nem maga Apor állt akkor a letartóztató ÁVH-s különítmény előtt Mindszenty helyén. Mindszenty József elődjét, Serédi Jusztinián hercegprímást 1945. április 2-án temette el Angelo Rotta pápai nuncius Esztergomban. A szertartást követően Rotta és a főpásztorok arról beszélgettek, ki a legesélyesebb a magyar katolikus egyház vezetésére. Egyértelműnek tűnt, hogy Apor Vilmos. Nemcsak kiemelkedő lelkipásztori, szociális, karitatív és az üldözötteket segítő tevékenysége adott neki nimbuszt, de az a tény is, hogy a püspökök közül ő értette meg leginkább a „kor szavát”, s ismerte fel például a földreform szükségességét. A győri főpásztor aznap hajnali vértanúhaláláról telefon és távirat híján nem tudhattak sem Esztergomban, sem a romba döntött Budapesten; nem értesülhettek róla, hogyan áldozta életét híveiért, az általa befogadottak védelmében.
A háború elől menekülők első csoportja, Apor Vilmos rokonaival együtt, 1944 őszén, a front közeledtével érkezett meg a győri püspökvárba. Nem csak hozzátartozói, régi ismerősei bíztak benne: a főpásztor humanitárius tevékenységének, a zsidóellenes intézkedésekkel szembeni szenvedélyes tiltakozásának híre gyorsan elterjedt az országban. Ha nem is tudhattak a német megszállás után kinevezett miniszterelnökhöz, Sztójay Döméhez intézett leveleiről, táviratairól vagy arról, hogy olykor szinte az illendőség határát átlépve sürgette a hercegprímást az üldözöttek védelmében való közös püspökkari, sőt ökumenikus fellépésre, ám értesülhettek például bátor hangú szentbeszédéről, amelyet 1944. május 23-án, pünkösdkor, közvetlenül a győri gettó felállítása után mondott: „És aki megtagadja a kereszténység alaptörvényét a szeretetről, és azt állítja, hogy vannak emberek vagy csoportok és fajták, melyeket gyűlölni szabad, és azt hirdeti, hogy embereket kínozni szabad, legyenek azok akár négerek, akár zsidók: az bármennyire is kérkednék azzal, hogy keresztény, olyan, mint a pogány és a nyilvános bűnös, mert azt mondotta az Úr Jézus, aki az egyházat nem hallgatja, legyen neked olyan, mint a pogány.
És mindaz, aki ilyen kínzásokat helyesel, és azokon részt vesz, súlyos bűnt követ el, és addig feloldozást nem kap, amíg ezt a nagy bűnét jóvá nem teszi.” (A tényekhez tartozik, hogy a püspök még aznap kemény hangú tiltakozó levelet írt Jaross Andor belügyminiszternek, hangsúlyozva, hogy „Isten és a magyar és világtörténelem előtt Miniszter Urat teszem felelőssé mindazért a betegségért és halálesetért, mindazért a megvetésért és elítélésért, amely ennek az intézkedésnek nyomában fog járni.” Választ nem kapott. Többszöri próbálkozása ellenére sem engedték be a gettóba, hiába kérte, hogy a katolikusokat legalább meggyóntathassa, lelki vigasztalásban részesítse, mondván, „erre még a halálraítéltek is igényt tarthatnak”.) Híre ment annak is, hogy a hozzá menekülő üldözötteket rendházakban, kórházakban, a püspöki nyaralóban vagy a Nemzetközi Vöröskereszt védelme alatt álló pannonhalmi főapátságban helyeztette el, illetve Angelo Rotta pápai nuncius védelmére bízta.
A szovjet csapatok elől 1945. március közepéig száznál is többen érkeztek a győri püspökvárba, a védelmet kérők száma azonban hamarosan körülbelül háromszázra emelkedett. Amikor ugyanis a nyilas Győri Nemzeti Hírlap egyik utolsó száma március 24-én, virágvasárnap előtt már menekülésre biztatott azzal az átlátszó ürüggyel, hogy a későn indulók „akadályozzák az ellentámadás hadműveleteit, és kiteszik magukat a fokozott légitámadásoknak”, a városból is egyre többen húzódtak püspöki oltalom alá. Apor hosszú ostromra készülve nagy élelmiszer-tartalékot halmoztatott fel, a pincébe pedig áramfejlesztőket hozatott, így a villanyvilágítás egyedül itt nem szűnt meg a városban. A vár tornyában évek óta működő légoltalmi figyelőállásból egyébként pontosan kivehető volt a Vörös Hadsereg előrenyomulása, a robbanások felvillanó fényei Pannonhalma felől, az égő parasztházak körvonalai. A front 28-án, nagyszerdán érte el a várost; a reggeli 7-es mise alatt a székesegyház ablakait repeszdarabok törték be. Néhány órával később a visszavonulók felrobbantották a Duna és a Rába hídjait, amit rövid szünet után aknazápor követett. Hamarosan szovjet tankok tűntek fel a püspökvár előtt, közben pedig a németek gyújtólövedékkel tűzbe borították a székesegyház tornyát.
A sötétség beállta után jelentek meg az első orosz katonák a pincében, akiket a főpásztor a bejáratnál fogadott. Ezek után szinte menetrendszerűen vissza-visszatértek. A jelenlévők szerint leginkább a kiszámíthatatlanságuk volt félelmetes. Egyikük letérdelt Apor elé, és megcsókolta a gyűrűjét, a következő katona viszont már el akarta lopni a gyűrűt a mellkereszttel együtt. Nagycsütörtökön Apor Vilmos megtartotta az utolsó vacsorára, az Oltáriszentség megalapítására emlékező misét a pincében az ilyenkor szokásos lábmosással, oltárfosztással. „A püspök számára valóban ez volt az utolsó szentmise – idézte fel később Cseh Sándor püspöki titkár –, amelyhez még katakombahangulat is járult. Az oltár egy deszkalap volt, amelyet két hordóra fektettünk. Ilyenkor az ember nemcsak a halálra gondol, hanem a megváltásra is. A jelen lévő hívek is megértették a nagycsütörtök hangulatát, elvégezték gyónásukat, és megáldoztak.”
A szertartást a hagyomány szerint Krisztus Getsemáne-kerti elfogatása előtti, vérrel verítékező imádságát idéző virrasztás követi; a püspök az éjszaka nagy részét virrasztással töltötte, de volt ennek egy fontos másik oka is: ébren akart lenni, ha a katonák visszajönnének. Másnap, nagypénteken, Jézus keresztre feszítésének és halálának napján rendes misét nem tartanak, csak úgynevezett „csonka misét” átváltoztatás nélkül, áldoztatással. A reggeli órákban elvégzett szertartás után folyamatosan újabb és újabb szovjet katonák látogatták meg a pincét. A fegyverropogással záruló végzetes eseménysorozat kezdő pillanata délutánra tehető. A püspök unokaöccse, a 17 éves Pálffy Sándor gróf szerint az akkor befutó „három tiszt s néhány közkatona bort és órát követelt. Órát kaptak három darabot. A magyar származású, Király József nevű orosz katonának püspök úr ígért másnapra 1 liter bort. Erre írást adtak, hogy zárjuk le a pincét, s ne engedjünk be senkit a házba.”
Az ígéretet azonban nem tartották meg. Valahol szereztek maguknak alkoholt, és negyed hét körül visszatértek. „Láthatóan ittasak voltak – írja emlékiratában Cseh Sándor püspöki titkár. – A pince előcsarnokában szemben találták magukat a főpapi ruhába öltözött püspökkel. Tolmácsukon keresztül kérték a püspököt, hogy az itt lévő fiatal nők közül adjon ki nekik kilencvenet, hogy menjenek a kaszárnyába »krumplihámozni«.”
A helyzet egyre kritikusabb lett, a katonák üvöltve követelőztek, ezért Apor Cseh Sándort és Zágon József püspöki irodaigazgatót elküldte a szovjet parancsnokságra és a városházára védelmet kérni. Egyikük sem kapott segítséget. Távollétükben Apor Vilmos megegyezett a katonákkal, hogy csupán férfiak és idősebb nők mennek krumplit pucolni, mire a szovjetek bejelentették, hogy addig „idejönnek vigyázni” a fiatal lányokra. Újabb szóváltás után a jelenlévőket az előtérből leterelték a tíz lépcsőfokkal lejjebb lévő pincébe.
Ekkor, mintegy negyven perc elteltével érkezett vissza a két pap. „Az óvóhely ajtaját megnyitva lementünk a falépcsőn – írja Cseh Sándor. – Lent a lépcsőnek és az ajtónak háttal állt a kapitány, mellette egy kiskatona, vállán géppisztollyal. Velük szemben pár lépéssel a püspök, mögötte több asszony és egy lány riadtan szorongott. Bepréselődtünk a püspök mögé és az ott szorongó asszonyok közé.” A szovjet tiszt és Apor között egyre ingerültebb szóváltás alakult ki, a kapitány, nyomatékosítva követelését, kezével meg-meglökte a püspököt, vagy éppen mellkeresztjét rángatta.
Ezután rendkívül gyorsan következtek, folytak egymásba az események, de a jelenlévők néhol ellentmondásos beszámolóiból kikövetkeztethető, mi is történt. Az ifjú Pálffy Sándor a püspökhöz fordult, annyit mondva neki, hogy „nincs az almáspincében egy pap sem, az ott lévő nőket se hagyjuk magukra”. Apor a tanácsot megfogadva azonban hiába próbált feljutni, a kapitány elállta az útját. Nagyjából ebben a pillanatban női segélykiáltás hasított a levegőbe, mire a püspök Cseh Sándor szerint „erélyesen próbálta az útját elálló kapitányt félretolni, hogy felmehessen a lépcsőn segítséget nyújtani. A kapitány szertartásosan fenyegető jelleggel lépett hátrafelé egy-két lépést, közben jobb kezével hátranyúlt a farzsebéhez vagy az oda felszíjazott táskához. Onnét kiemelte a pisztolyát. Még hallottam, amint mindkét kezét a zubbonya alatt tartva élesre, lövésre készre állította fegyverét. A következő pillanatban már jobb kezét kinyújtva, abban tartva pisztolyát célzott is a püspökre és ránk, akik mögötte, mellette szorongtunk. Hogy e sorokat le tudom írni, hogy életben maradtam, egyedül a hős lelkű püspöknek köszönhetem.” Váratlan dolog történt ugyanis. Apor a másodperc törtrésze alatt a kapitány mellett termett, s a meglepett tisztet határozott mozdulattal karon ragadta, majd a lépcső felé fordulva elkezdte felfelé tuszkolni, miközben dörgő hangon kiáltotta: hinaus, hinaus, kifelé! Őket a géppisztolyos kiskatona követte. Amint fölértek az úgynevezett almáspincébe, a püspök visszafordulva a bent lévők védelmében becsapta az óvóhely vasajtaját. A többiek, elöl Zágon irodaigazgatóval – őt a fiatal Pálffy Sándor és Cseh Sándor követte – megindultak Apor Vilmos után. Abban a pillanatban, amikor Zágon és Pálffy kiért, eldördültek a lövések. Pálffy emlékei szerint a püspök „az előtte álló oroszokat vállával ki akarta tolni az ajtón. Erre az orosz először a levegőbe lőtt, majd rögtön utána Püspök urat meglőtte. [ ] Láttam Püspök urat összeesni, segítségére siettem, mire engem is meglőttek.”
Pillanatok alatt összesen kilenc lövés dördült. „Az egyik, talán az első golyó – említi Cseh Sándor – a püspök magasba tartott jobb karjába hatolt be alulról. Azért tartotta magasba a karját, mert azzal mutatta a kijáratot [a kapitánynak]: arra távozzék.” A második a jobb szemöldöknél érte el a bőrt, pár centis barázdát hasítva Apor Vilmos homlokába. A harmadik, a halálos lövés a reverendán keresztül, átszakítva a vékonybelet, megsebezve a májat a hasüregbe hatolt. Pálffy Sándort a jobb könyökén, a térdén és az alsó lábszárán érte a golyó, négy a mennyezetbe fúródott, ma is látható a helyszínen berendezett emlékmúzeumban.
Honnan jött az eseményeket felgyorsító segélykérő sikoly? Abban az időben, amikor a püspök a légópincében farkasszemet nézett a kapitánnyal, Luzsénszky Erzsébet négy-öt fiatal lánnyal a mosókonyhában tartózkodott. „Hozzánk is lejött több orosz, s robotit kiabálva kizavartak a mosókonyhából. Mi szó nélkül kirohantunk, magam az almáspincébe mentem, a többiek valószínűleg a nagy óvóhelyre menekültek.”
Nem mindenki jutott ki azonban. A közeli konyhafeljáróban bújt meg az akkor tizennégy éves Gyenes Mária (Maléter Pál özvegyének, Gyenes Judithnak a nővére) és legidősebb leánytestvére. „Amikor megláttak minket, ránk parancsoltak, hogy feküdjünk le – idézte fel a pillanatot Gyenes Mária. – Mi le akartunk menni az óvóhelyre, de az egyik elállta az ajtót, majd megfogta a csuklómat, rám fogta a revolvert, s az udvar felé nyíló ajtóhoz akart vinni. Nagymama fennhangon kiabált segítségért, mire az egyik géppisztolyos orosz őt lefogta. Mi ki akartuk szabadítani magunkat kezükből.” Erre a kiáltozásra figyelt fel a püspök. Amikor az oroszok meghallották a lövéseket, otthagyták a két lányt, és elmenekültek. Őket is tehát, akár a többieket, a püspök lélekjelenléte mentette meg az erőszaktól.
A fegyverropogást követően valamennyi szovjet katona egy pillanat alatt eltűnt. Apor Vilmos a súlyos sérülések ellenére állva maradt, „az aula igazgatójára és titkárára támaszkodva még saját lábán ment le a nagy pince boltíves bejáratáig – emlékszik vissza Pálffy Ilona. – Ott éppen rávilágított az egyik reflektor. Homlokából folyt a vér. A menekültek közül egy asszony fölkiáltott: »Püspök atyánk, ezt érettünk tette!« A püspök halkan, de mosolyogva felelte: »Szívesen, nagyon szívesen!« – majd összecsuklott. Papjai fölfogták és hordágyra fektették.” Az incidens után az oroszok elkerülték a pincét, többé nem próbálkoztak erőszakoskodni. A püspököt petróleumlámpa fényénél még aznap éjjel megműtötték a városi kórházban.
Még két napot élt. Nagyszombaton javult az állapota, meggyónt, megáldozott. Húsvétvasárnap délutánján felszökött a láza, a hashártyagyulladást az orvosok nem tudták megfékezni. Halála előtt néhány órával felajánlotta szenvedéseit papjaiért, híveiért, az ország vezető embereiért és ellenségeiért. Április 2-án, húsvéthétfő hajnalán halt meg.
Az elhunyt főpásztort másnap szállították vissza hordágyon a püspökségre papi kísérettel. A menet útközben kozák katonákkal találkozott. Vezetőjük gyanakodva libbentette föl a leplet, amely alól előtűnt Apor Vilmos arca. A váratlan látványtól megrendült lovastiszt ijedten kapta le a sapkáját.
Apor püspököt 1986. május 23-án, szinte titokban temették újra a székesegyházban, miután kései utóda, a békepapság egyik legismertebb reprezentánsa, a rendszerváltozás után lemondatott Pataky Kornél püspök kijárta az engedélyt az Állami Egyházügyi Hivatalban. II. János Pál 1997. november 9-én avatta boldoggá.
