Komoly problémát jelent, hogy a nem élelmiszer céllal elállított génmódosított növények termesztése során létrejövő pollenszemek az élelmiszernövényekre is eljuthatnak, vagy állati takarmány közvetítésével kerülhetnek emberi fogyasztásra, a tudtunk nélkül. Ahol engedélyezett, az előre csomagolt élelmiszereknek átlagosan a 70 százaléka tartalmaz GM összetevőket anélkül, hogy a fogyasztó tudna róla és választhatna, ami etikai dilemmát jelent ezen nyersanyagok felhasználása kapcsán.
Szintén jelentős gyakorlati probléma, hogy bár elvileg akár kevesebb növényvédőszer-felhasználás is lehetne az eredménye a genetikai módosításnak, a gyakorlatban jelenleg sok helyütt több vegyszert használnak fel a GM növények termesztésekor. A génmódosított növényre nem hat az alkalmazott vegyszer, csak a környezetében lévő gyomokra vagy más károsító tényezőkre. Azonban ezek néhány generáció után ellenállóvá válhatnak az adott vegyszerre.
A gazdáknak ilyenkor nincs más választásuk, mint hogy sokkal nagyobb mennyiségben és sűrűbben permetezzenek, illetve hogy még drasztikusabb, más gyomirtókkal próbálkozzanak. A nagy mennyiségben adott antibiotikumok baktériumokra gyakorolt hatásához hasonló módon rezisztens rovarfajok szaporodhatnak el, ami potenciális ökológiai kockázatot jelent.
Problémát jelent továbbá, hogy a globális felhasználás mértékéhez képest csekély hosszú távú biológiai hatást vizsgáló kutatást publikáltak, és további gond a kutatási finanszírozás alulreprezentáltsága az esetleges negatív hatások tisztázása érdekében végzett vizsgálatok terén.
Természetesen számos kutatást végeztek már a génmódosított növényekből készült élelmiszerek fogyasztásának veszélyeivel kapcsolatban, és az ez idáig igazolt egyetlen káros humán vonatkozás, hogy az arra érzékeny emberekben allergia alakulhat ki egyes GM élelmiszerek egyes összetevőire.
Sajnos azonban annak megítéléséhez, hogy a hosszú távú fogyasztásnak van-e más biológiai hatása, több évtizedes epidemiológiai vizsgálatokra volna szükség, ennyi idő azonban még nem telt el az eljárás bevezetése óta. Tehát a GM élelmiszerekről nem állítható, hogy bizonyítottan veszélyesek, de nem is dönthető el a jelenlegi adatok alapján, hogy rendelkeznek-e káros hatással.