A megdöntött rezsim áldozatainak ügyvédjei szeptember végén elfogultsági indítványt nyújtottak be az elnöklő Ahmed Rifaat bíró ellen, mert szerintük a pert a vádlott javára irányítja. A védelem felrótta a bírónak, hogy utasítására tiltották ki a televíziót a tárgyalóteremből, és alig adott lehetőséget az ügyvédeknek arra, hogy az állami és biztonsági apparátus tanúként megidézett munkatársainak kérdéseket tegyenek fel. A beadványról az illetékes bírósági testületnek október 30-án kellett volna döntenie, de egy kairói bíróság október végén úgy határozott, hogy az indítványt csak december 26-án vizsgálják meg.
Mubarakot az őt február 11-én végül lemondásra kényszerítő tömegmegmozdulások részvevői ellen bevetett, sok tüntető életét kioltó halálos erőszak miatt fogták perbe. Két fiával együtt sikkasztás és korrupció címén is vádat emeltek ellene. Megfigyelők a perrel kapcsolatos egyre nyilvánvalóbb húzást-halasztást október végén annak jeleként értékelték, hogy a Mubarak bukásával hatalomra került katonai tanácsnak nem áll érdekében az egykori katonabajtárs elítélése. Mubarak valamikor a légierő tisztje volt.
