Hálid Sejk Mohammed, aki saját állítása szerint is kitervelte a bűncselekményeket, négy bűntársával együtt több mint három év után először jelent meg a nyilvánosság előtt. Mohamed és tettestársai ellen összeesküvés és tömeggyilkosság a vád. Az eltérített utasszállító gépekkel elkövetett merényletek csaknem 3000 emberéletet követeltek. A meghallgatás gyorsan megrekedt, még mielőtt a vádirat ismertetéséig eljutottak volna.
Hálid Sejk Mohamed, az al-Kaida iszlamista terrorista hálózat egykori műveleti vezetője nem volt hajlandó válaszolni a bíró kérdéseire. Ramzi bin al-Sib, aki állítólag a fő összekötő volt a légi kalózok és al-Kaida-vezetők között, előbb felállt, majd letérdelt és imádkozni kezdett – a férfit tagbaszakadt őrök figyelték, de nem avatkoztak közbe. Valíd bin Atta vádlottat – aki a nyomozók szerint kiválasztott és kiképzett néhányat a gépeltérítők közül – székéhez szíjazva vitték be a tárgyalóterembe, mivel erre önként nem volt hajlandó, de később eloldották a köteléket, miután megígérte a bírónak, hogy jól viselkedik.
Fennakadást okozott az is, hogy a vádlottak nem vették fel a fejhallgatót, amelyen a teremben elhangzó mondatok arab tolmácsolását követhették volna. A bíró ekkor rövid időre felfüggesztette a tárgyalást, amelyet később úgy folytattak, hogy a teremben mindenki hallja a tolmácsot.
A vádlottak utoljára 2008 decemberében jelentek meg a bíróság előtt, amikor Mohammed megpróbált vallomást tenni és bűnösnek vallani magát. A különleges katonai törvényszék előtt a vádlottak a vádemelés idején nem nyilatkoznak arról, hogy bűnösnek érzik-e magukat. A bíró csak ismerteti a vádakat, megbizonyosodik arról, hogy a vádlottak megértették-e jogaikat, majd áttér az eljárási kérdésekre. A vádlottak védőügyvédei közölték, hogy a titoktartási szabályok miatt nem hozhatják nyilvánosságra, védenceik bűnösnek vallják-e magukat.
A korábbi tárgyalásokhoz hasonlóan ezúttal is a Kuba szigetén fekvő támaszponton követhette figyelemmel a büntetőper fejleményeit a terrortámadások áldozatainak néhány hozzátartozója, aki sorsoláson nyerte el ezt a lehetőséget. Az öt vádlottat terrortevékenységgel vádolják, egyebek között azzal, hogy részük volt a 2001. szeptember 11-i, New York és Washington elleni terrortámadások szervezésében. A fővádlott, a 2003-ban Pakisztánban elfogott, pakisztáni állampolgárságú Hálid Sejk Mohamed azt mondta korábban kihallgatói előtt, hogy ő volt az Egyesült Államok történetében elkövetett legsúlyosabb terrortámadásoknak az értelmi szerzője.
