A döntő körbe Milos Zeman volt miniszterelnök és Karel Schwarzenberg külügyminiszter kerültek, miután a két hete lezajlott első fordulóban a kilenc jelölt közül ők kapták a legtöbb szavazatot. Zemanra a választók 24,2 százaléka, míg Schwarzenbergre 23,6 százaléka szavazott. A legutolsó országos felmérés szerint a második fordulóban 54 százalék Zemanra, 46 százalék Schwarzenbergre szavazna. Helyi megfigyelők és a sajtó szerint azonban mindkét jelöltnek lényegében egyformák az esélyei a győzelemre. Zemant elsősorban a baloldal és az idősebbek támogatják, míg Schwarzenberget a jobboldal, a civil szféra és a fiatalok.
Szakítva a csehszlovák, illetve a cseh hagyományokkal ezúttal már nem a parlament, hanem közvetlenül a lakosság választja meg Václav Klaus jelenlegi köztársasági elnök utódját. A voksolás hagyományosan kétnapos, pénteken délután kettőtől este tízig, szombaton reggel nyolctól délután kettőig lehet szavazni. A második fordulóban a két jelölt közül az lesz a köztársasági elnök, aki megszerzi a szavazatok egyszerű többséget. Cseh politikai és társadalmi körökben erősen megoszlanak a vélemények, hogy helyes volt-e a közvetlen elnökválasztás bevezetése. Erről gyakorlatilag az 1989-es rendszerváltás óta vita folyik. A pártoknak nyilvánvalóan jobban tetszett a parlament általi elnökválasztás, mert nagyobb volt a lehetőség a kulisszák mögötti megegyezésekre, alkukra.
Miután azonban a parlamenti elnökválasztásokat az elmúlt két évtizedben sorozatos botrányok kísérték, a társadalmi nyomás is kikényszerítette a közvetlen elnökválasztás bevezetését. A jelöltek – és több esetben önjelöltek – sora elég hosszú és színes volt, de nem mindenki tudta teljesíteni az induláshoz szükséges feltételeket, vagyis ötvenezer választó aláírásának összegyűjtését vagy húsz képviselő, illetve tíz szenátor támogatásának megszerzését.
