Az orosz ügyvéd 2009-ben vizsgálati fogságban hunyt el a népnyelven Matrosszkaja Tyisinának nevezett moszkvai börtönben, egy héttel azután, hogy ismertették vele a vádat. Magnyitszkijt 2008-ban több százmillió rubeles adócsalással vádolták meg és vették őrizetbe. Cége ugyanakkor azt állítja, hogy az ügyvédet azért tartották vizsgálati fogságban, mert leleplezett egy négy és fél milliárd rubelre rúgó korrupciós ügyet, és magas rangú belügyi tisztviselőket vádolt meg a visszaéléssel.
A központi nyomozó hatóság honlapján közzétett keddi tájékoztatás szerint a bűnügyi eljárást törvényesen folytatták le Magnyitszkij ellen, és az ügyvédet megalapozottan, a jogszabályoknak megfelelően tartották vizsgálati fogságban. A nyomozók szerint a néhai ügyvéd fogva tartása során nem merültek fel különleges körülmények, nem gyakoroltak rá nyomást, nem alkalmaztak vele szemben fizikai erőszakot, nem kínozták. Az igazságügyi orvos szakértők azt állapították meg, hogy az eredendően szív- és cukorbeteg, valamint hepatitisben szenvedő Szergej Magnyitszkij halálát szívelégtelenség, agyi ödéma és akut tüdővérzés okozta. Az orosz szövetségi nyomozó hatóság szerint nem állapítható meg bűncselekmény Szergej Magnyitszkij halála ügyében.
Az ügy megmérgezte Moszkva és Washington kapcsolatait, tavaly év végén diplomáciai és politikai ütésváltáshoz vezetett. Decemberben előbb az amerikai törvényhozás fogadott el törvényi záradékot, amely egyebek között az orosz ügyvéd halálában érintettnek tekintett hivatalos személyek beutazását tiltja meg az Egyesült Államokba. Erre válaszul a moszkvai parlament egyebek között megtiltotta, hogy amerikai állampolgárok orosz gyerekeket fogadjanak örökbe.