Onodát partizán-diverzáns akciók végrehajtására képezték ki, és háromfős egységével együtt 1944-ben küldték a Fülöp-szigeteki Lubang sziget dzsungelébe azzal a feladattal, hogy vegye fel a harcot az amerikai csapatokkal. Azt a parancsot kapta, hogy sose adja meg magát, és tartson ki a japán katonák megérkezéséig.
Az osztag létezésére 1950-ben derült fény, miután Onoda egyik katonája megszökött. Azt követően röpcédulákat dobtak le repülőgépből a dzsungelbe, hogy az osztagparancsnok tudomására hozzák, a japán császári hadsereg öt éve vereséget szenvedett és véget ért a háború. Onoda azonban az ellenség dezinformációjának tartotta ezt, ezért egysége folytatta az „ellenség” katonai létesítményeinek figyelését, sőt néha harcba is bocsátkozott, több mint harminc katonát és civilt megölt.
Miután az osztag egyik tagja meghalt, Onoda utolsó, életben maradt bajtársával együtt folytatta a harcot, Tokió és Manila pedig tíz éven át hasztalan kereste őket. A kutatást 1959-ben abbahagyták, mert meg voltak győződve róla, hogy mindketten meghaltak. Tizenhárom évvel később, 1972-ben azonban a kétfős osztag újabb támadást hajtott végre katonák ellen. Onoda bajtársa életét vesztette, de ő életben maradt.
Tokió egy kutatócsoporttal együtt egyik családtagját küldte a Fülöp-szigeteki őserdőbe, hogy rábeszélje Onodát a harc feladására, de az alhadnagy neki sem hitte el, hogy már rég véget ért a háború. Ezután Tokióban megtalálták egykori közvetlen parancsnokát, aki 1974-ben az akkor már nem létező japán hadsereg egyenruhájában megérkezett Lubang szigetére, és megparancsolta az alhadnagynak, hogy adja meg magát, és tegye le a fegyvert. Onoda engedelmeskedett, Tokió kérésére pedig Manila megkegyelmezett neki.
Onoda Hiroo esete nem volt példa nélküli. Jóval Tokió kapitulációja után még néhány tucat japán katona folytatta a harcot az ellenség ellen különböző ázsiai országokban, mert nem hitt Japán vereségében. Onoda volt közülük az utolsó, legállhatatosabb harcos. Miután 1974-ben hazatért, azt mondta, hogy a harminc évig tartó dzsungelharc során csak egy gondolat vezérelte: a parancs végrehajtása.
