Karadžić azt hangoztatta, hogy nem követte el a terhére rótt bűncselekményeket, az NT őt nem ítélheti el, még ha volt elnökként erkölcsi felelősség is terheli bármilyen bűncselekményért, amelyet a boszniai Szerb Köztársaság (RS) polgárai vagy katonái elkövettek a háború idején. „Ha én őrült vagyok, őrült-e az a másfél millió ember, aki hagyta, hogy fia három éven át fagyos árkokban védje otthonát és családját?” – firtatta Karadžić. A Karadžić elleni 11 pontos vádiratban népirtás, háborús és emberiesség elleni bűntények szerepelnek. A bűncselekmények az 1992–95-ös, közel százezer halottat követelő boszniai háború idején történtek.
A legsúlyosabb vádpont kapcsolatba hozza őt a srebrenicai népirtással. Az ügyészség a per során 195 tanút vonultatott fel, szeptember 29-én fejezte be záró vádbeszédét, és életfogytig tartó börtönbüntetést kért rá. Azzal vádolta Karadžićot, hogy a háború idején az RS elnökeként ő volt az etnikai tisztogatások „mozgató ereje”, és hazug maffiafőnökként viselkedett. Az ügyészségi bűnlajstrom arra a megállapításra épül, hogy Karadžić kulcsfontosságú embere volt annak a „bűnszövetkezetnek”, amely célul tűzte ki a muzulmán és horvát lakosság elűzését a szerbek lakta boszniai területekről.
Szerdai védőbeszédében a 69 éves vádlott azt hangoztatta, hogy miközben a bíróság őt bűnszövetkezettel vádolja, az emberek emlékezetében csak azok a jó cselekedetek maradnának meg, amelyeket népéért és a másik két boszniai népért tett. A per során Karadžić azzal védekezett, hogy a srebrenicai vérengzés csupán mítosz, a bűncselekményeket a muzulmánok rendezték meg, és a boszniai szerbekre terelték a gyanút. Azt hajtogatta, hogy őt nem megbüntetni, hanem kitüntetni kellene, amiért minden tőle telhetőt megtett a véres polgárháború elkerülése érdekében.
Az NT már több jogerős ítéletében kimondta, hogy ami Srebrenicában történt, népirtás volt, a Volt Jugoszlávia Nemzetközi Bűnügyi Bírósága pedig háborús bűncselekménynek nyilvánította. A mészárlás 1995. július 11-én kezdődött, miután az ENSZ-védelem alatt álló Srebrenicát a boszniai szerb csapatok elfoglalták, a holland békefenntartók szeme láttára mintegy nyolcezer bosnyák férfit és fiút válogattak ki, majd lemészárolták őket. (Évekkel később a hágai bíróság kimondta: háromszáz srebrenicai áldozat életéért a holland kormányt terheli a felelősség – a szerk.) Európában a második világháború óta ez volt a legvéresebb mészárlás.
A bűncselekményt Ratko Mladić vezetésével a Szerb Köztársasági Hadsereg (Vojska Republike Srpske, VRS) hajtotta végre. A VRS mellett a Skorpiók néven ismert szerb katonai alakulat is részt vett a mészárlásban. A srebrenicai akció csak egy része volt az etnikailag színtiszta Szerb Krajina létrehozásához vezető lépéseknek. Az összes áldozatot nem sikerült azonosítani, a mai napig bukkannak tömegsírokra.
A jelenlegi szerb elnök, Tomislav Nikolić is tagadja, hogy népirtást hajtottak volna végre Srebrenicában. A korábbi szélsőséges nacionalista politikus egy 2013-as televíziós interjúban úgy fogalmazott: „térden állva” kér bocsánatot az áldozatoktól. Ismert: a legbrutálisabb mészárlásokat (Vukovárnál és Srebrenicánál) azok a csetnikek vitték véghez, amelyeknek Voislav Šešelj volt a vezérük, és Tomislav Nikolić a második számú vajdájuk.
