A bajor konzervatív politikus 2007-től idén októberig az adminisztratív terhek csökkentésén dolgozó szakértői csoport elnökeként segítette az Európai Bizottság munkáját. Annak a csoportnak is az volt a feladata, hogy segítsen egyszerűsíteni és olcsóbbá tenni az uniós szabályozást. Ezért a Juncker-bizottságban már külön alelnök, Juncker első helyettese, a holland Frans Timmermans a felelős.
A csoport megbízatása október végén lejárt, Stoiber pedig új minőségében, tanácsadóként azzal kapcsolatban fogja segíteni a brüsszeli testület tevékenységét, hogy hogyan lehetne csökkenteni a bürokráciát, valamint a kis- és közepes vállalkozásokra nehezedő adminisztratív terheket. „Elkötelezettségét, tapasztalatát és hozzáértését tekintve ő a megfelelő ember, hogy tanácsot adjon nekünk a túlszabályozás leküzdése és a bürokrácia csökkentése terén, hogy a növekedés és munkahelyteremtés valódi esélyt kaphasson Európában” – idézi Jean-Claude Junckert a Stoiber kinevezését ismertető közlemény.
A kommüniké tanúsága szerint Frans Timmermans is úgy értékelte, hogy a Stoiber vezette szakértői csoport nagyban hozzájárult a kis- és közepes vállalkozások adminisztratív terheinek csökkentéséhez, a bajor politikus tanácsadói kinevezése pedig azt mutatja, hogy a bizottság elkötelezett a szabályozói terhek további mérséklése mellett.