Az alapot a kormányzótanács és a befektetési bizottság irányítaná. Előbbi döntene az általános célokról, a beruházási irányelvekről, a vállalható kockázatokról, a politikai stratégiáról és az alap forrásainak allokációjáról, összhangban az Európai Bizottság politikai irányelveivel.
A javaslat szerint amíg csak a bizottság és az Európai Beruházási Bank (EIB) tesz pénzt az alapba, addig a kormányzótanács tagjainak számát és a szavazati súlyokat is a hozzájárulások arányában osztanák el egymás között, és konszenzussal döntenének.
Miután azonban az alaphoz a tagállamok és általuk irányított intézmények, fejlesztési bankok is hozzájárulhatnak, ha a befizetők száma bővül, az a szabály fennmarad, hogy a hozzájárulások arányában osztják el a szavazatokat, de a döntésekhez elég lesz az egyszerű többség, azzal a kitétellel, hogy mind az EIB, mind a bizottság megtartaná vétójogát; egyikük ellenszavazata is elegendő volna egy-egy döntés megakadályozásához.
A javaslat ismertetésekor Pierre Moscovici, az Európai Bizottság gazdasági és pénzügyi kérdésekért felelős tagja tudatta, hogy a bizottság a hiányszámításoknál nem veszi majd figyelembe azt az összeget, amellyel egy tagállam az alap forrásait gazdagítja.
A befektetési bizottság foglalkozna a konkrét projektek értékelésével, és döntene arról, melyik kapjon támogatást az EFSI-ből. A bizottság hat „független piaci szakértőből\" és a vezérigazgatóból állna, aki az EFSI napi irányításáért is felelne. Őt és helyettesét a kormányzótanács nevezné ki az Európai Bizottság és az EIB közös javaslata alapján.
Magát az alapot az EIB-n belül hozná létre a javaslat, amely szerint a nagyobb kockázatvállalással maximálható lenne a közpénzek hatása, és beindulhatnának a magánberuházások is. A jogszabálytervezet egy úgynevezett európai befektetési tanácsadói csomópont létrehozásával is számol, amely afféle egyablakos rendszerként segítené a projektek azonosítását, előkészítését, kidolgozását és finanszírozását, valamint segítené innovatív pénzügyi eszközök felhasználását.
