A társulás nem volt hosszú életű, mert a Szingapúrban élő kínai többség és a maláj népesség közt etnikai ellentétek ütötték fel fejüket, ami 1964-ben két tucat halálos áldozatot és több száz sérültet követelő felkelésben csúcsosodott ki, így egy évre rá – Li Kuan Ju minden törekvése ellenére – a Malajziai Államszövetség kiebrudalta Szingapúrt a társulásból. A miniszterelnököt ez nagyon megviselte, akkor úgy nyilatkozott, hogy ezzel szó szerint minden megsemmisült, amiért eddig kiállt, hiszen mindig is hitt e két terület egységében, szövetségében.
Ezek után Szingapúr természeti erőforrások hiányában és korlátozott védelmi képességei miatt komoly kihívások elé nézett. A túlélés kulcsa egy erős gazdaság létrehozása lett, amelynek lehetőségét a miniszterelnök az ország késztermék-exportőrré alakításában látta. Külföldi befektetőket szerzett, és lépéseket tett a dolgozók életszínvonal-növekedésének biztosítása érdekében. 1965-ben a városállam csatlakozott az ENSZ-hez, majd 1967-ben négy másik országgal együtt megalapította a Délkelet-ázsiai Nemzetek Szövetségét.
Miután az ellenzék 1966-ban a parlamenti munka bojkottjába kezdett, 1966-tól 1980-ig a PAP nyert meg minden mandátumot a választásokon. Li Kuan Ju – bizonyos mértékben tekintélyelvű – irányítása alatt Szingapúr gazdasága fellendült, az ország a nyolcvanas évekre az egy főre jutó jövedelem mértékét tekintve Japán után a második helyre került a kelet-ázsiai térségben, valamint Délkelet-Ázsia vezető pénzügyi központjává vált. Jelenleg itt található a föld legnagyobb olajfinomító-kapacitása, kikötőjének forgalma első a világon. Erről a fejlődésről könyvet is írt a kormányfő A harmadik világból az elsőbe címmel.




