A jelenleg 66 éves Tolimir a szintén perbe fogott Ratko Mladicnak, a boszniai hadsereg vezetőjének jobbkeze volt a felderítés irányítójaként. A hágai perben első fokon megállapították, hogy felelősséget visel az 1995. júliusi srebrenicai, valamint zepai mészárlásért.
A srebrenicai vérengzést, amelynek során a boszniai szerbek becslések mintegy nyolcezer – egyértelműen bizonyíthatóan ennél mintegy kétezerrel kevesebb – bosnyák muszlim férfit, illetve fiút gyilkoltak meg az elvben ENSZ-oltalom alá helyezett településen, a második világháború óta elkövetett legsúlyosabb tömeggyilkosságként tartják számon.
A fellebbviteli fórum néhány részkérdésben helyt adott azoknak az ellenvetéseknek, amelyeket Tolimir az elsőfokú ítélet indoklásával szemben megfogalmazott. A fellebbviteli tanács az összesen 24 fellebbezési pont közül elfogadta például azt az érvelést, hogy a zepai muszlim közösség három vezetőjének az elhurcolása – majd később meggyilkolása – önmagában nem tekinthető a zepai muszlim közösség kiirtására irányuló cselekménynek, miként önmagában az sem, hogy a zepai muzulmán közösség sok tagját erőszakkal elhurcolták az elvben ENSZ-védettséget élvező településről.
Mindez azonban nem változtatott azon, hogy a Srebrenicában legyilkolt ezrek népirtási cselekmény áldozatának minősülnek, és e népirtási cselekményben Tolimirt felelősség terheli. A fellebbviteli tanács szerint mindent egybevetve nem indokolt az életfogytiglani szabadságvesztés megváltoztatása.
Zdravko Tolimirt – aki a jogerős ítélet szerdai kihirdetésekor hatalmas keresztet viselt a nyakában – 2007-ben fogták el a boszniai Szerb Köztársaság területén, és átadták Hágának. Pere három évvel később kezdődött meg. Az ügyészek 130 tanút vonultattak fel a vád állításainak alátámasztására, köztük Tolimir néhány egykori munkatársát.
Ő maga négy tanúval igyekezett bizonyítani ártatlanságát. A fellebbviteli tanács előtt már nem folyt érdemi bizonyítási eljárás, pusztán az elsőfokú tárgyaláson megállapított tényekből az elsőfokú tanács által levont jogi következtetéseket tekintették át és vizsgálták felül néhány ponton.
