Mindez a Milosevic által támogatott szélsőségeseket erősítette, akik nem engedelmeskedtek a horvát hatóságoknak, s önálló haderőt állítottak fel. Még 1990 folyamán autonóm kerületeket hoztak létre, majd 1991 júniusában – a horvát függetlenség kikiáltásával egy időben – Krajina és Szlavónia–Baranya–Nyugat-Szerém is függetlennek nyilvánította magát. 1991. december 19-én e területek egyesítésével létrejött a nemzetközileg el nem ismert Krajinai Szerb Köztársaság, Knin fővárossal.
Horvátország a Belgráddal kötött 1992-es tűzszünet életbe lépése után gőzerővel dolgozott hadereje megerősítésén, amelyben három évvel később már 130 ezer jól felszerelt és kiképzett katona szolgált. Franjo Tudman horvát államfő ekkor látta elérkezettnek az időt arra, hogy visszafoglalják a szerbek által birtokolt területeket. Első lépésként 1995 májusában három nap alatt Nyugat-Szlavóniát szerezték vissza.
A Vihar (Oluja) fedőnevű hadművelet 1995. augusztus 4-én kezdődött. A horvát hadsereg és rendőrség 138 ezer embere 700 tank és páncélozott jármű, 1800 tüzérségi fegyver, 47 repülőgép és helikopter bevetésével indított támadást a szerb Krajina ellen. A tüzérség órák alatt utakat robbantott a szerbek által telepített aknamezőkön, s a harckocsizó alakulatok rövid idő alatt áttörték a szerb védelmi vonalakat.
A szerbek vezénylési rendszere összeomlott, az utakat megszálló horvát erők elvágták egymástól a védekező szerb egységeket. A horvátok már másnap bevonultak Kninbe, nyolcvan óra alatt ellenőrzésük alá vonták a mintegy tízezer négyzetkilométer szakadár terület java részét, és a bosnyák kormányerőkkel karöltve elérték a szerbek ostromolta északnyugat-boszniai Bihács városát is. A Vihar hadművelet végét augusztus 7-én jelentették be, a siker gyorsasága még a horvát vezetést is meglepte.
