Új helyzetet teremt a brexit a Londonban működő két uniós ügynökség életében is, az Európai Bankhatóságnak (uniós rövidítéssel EBA) és az Európai Gyógyszerügynökségnek (EMA) mindenképpen más tagországba kell költöznie Nagy-Britannia uniós tagságának megszűnésével. Ez vállalati oldalon több mint ezer munkavállaló költöztetését és ennél is több határozott idejű szerződés újrakötését jelenti, nem beszélve a költözés minden nyűgéről-bajáról. Magyarország mindkét ügynökség hazánkba költöztetésére benyújtotta igényét, a tagállamok novemberig több lépcsős szavazáson döntenek, végül hova kerülnek az intézetek. Mindkét hivatal igen fontos területet felügyel, az EMA a gyógyszerkészítményekre vonatkozó európai forgalomba hozatali engedélykérelmek értékelését végzi, engedélyeket ad ki, általános gyógyszerfelügyeletet lát el, és kutatást is végez. Az EBA pedig az uniós banki termékek egységes piacának átláthatóságáért felel. A hurcolkodást ráadásul úgy kell megoldani, hogy egy napra sem szűnhet meg a munka.
A marakodás az új székhelyeket illetően szinte biztosra vehető, annak ellenére, hogy az előzetes megegyezés alapján az egyenlő földrajzi eloszlást is figyelembe kell venni. És a pálya már itt lejt, méghozzá a régi tagállamok felé. Ugyanis a 2004-ben csatlakozott tíz országban csak kilenc ilyen hatóság működik az összesen negyven közül, körükben is aránytalan eloszlással, hiszen Budapesten két hivatal, az Európai Rendőrakadémia (CEPOL) és az Európai Innovációs és Technológiai Intézet (EIT) is jelen van. Romániának, Bulgáriának, Észtországnak, Szlovákiának és Ciprusnak nem jutott ilyen székhely, ahogy a 2013-ban csatlakozott Horvátországnak sem. A Tallinnban működő, az informatikai rendszerek működését felügyelő hatóság is szinte csak papíron van Észtországban, a gyakorlati munka Strasbourgban folyik. Mindezek alapján valóban indokolt lenne valahova az unió keleti részére helyezni legalább az egyik intézményt, de a német üzleti lap, a Wirtschaftswoche úgy tudja, a bankhatóság Frankfurtban landolna. Így már négy ügynökség is működne Németországban, pont annyi, mint az ügynökségekért szintén nyújtózkodó Franciaországban. Uniós berkekben tudni vélik, hogy a két ország már előre leosztotta magának a két intézményt. A brit Financial Times üzleti lap pedig arról írt, hogy Bécs és Brüsszel is esélyes pályázók. Persze költözésről még nincs szó, arról is vita van, hogy a költségeket Nagy-Britannia vagy az unió állja-e.