1982–83-ban állt a katonai junta élén a tábornok, majd köztársasági elnöknek és a hadsereg főparancsnokának kiáltotta ki magát. Ez volt a közép-amerikai ország történetének egyik legkeményebb korszaka a kommunista gerillák ellen folytatott harcban.
A polgári rendszer helyreállítása után a tábornokot bíróság elé állították, amely népirtás és emberiesség elleni bűncselekmény miatt 80 év börtönre ítélte 1171 ixil törzsbeli indián lemészárlása miatt. Eljárási hibákra hivatkozva az alkotmánybíróság megsemmisítette az ítéletet, így Ríos Montt csak tíz napot töltött börtönben. Új pert indítottak ellene, de az már nem végződött börtönbüntetéssel a 91 éves tábornok rossz egészségi állapota, öregkori elbutulása miatt.
