A kislány a dél-portugáliai Praia da Luz főleg britek látogatta, Ocean Club nevű üdülőközpontjából tűnt el nyomtalanul 2007 májusában, néhány nappal negyedik születésnapja előtt.
A gyermek - két kisebb testvérével - a család földszinti szállodai szobájában aludt, miközben szülei az üdülő szabadtéri éttermében, baráti társasággal vacsoráztak. Az anya és az apa bizonyos időközönként felváltva benéztek a szobába, hogy minden rendben van-e, ám amikor Madeleine édesanyja, Kate McCann este tíz óra felé ellenőrizte a gyerekeket, a kislány már nem volt az ágyában.
Az ügyet szinte példátlan nemzetközi figyelem kíséri, különösen azóta, hogy a portugál rendőrség 2007 őszén a szülőket, Gerry és Kate McCannt nyilvánította gyanúsítottá. A gyanúsítást egy ével később érdemi bizonyítékok hiányában feloldották, a kislánynak viszont azóta sem lelik nyomát. A Sky Newsnak nyilatkozó rendőrségi illetékesek elmondása szerint a portugáliai víztározó átkutatását a német rendőrség kérte.
A német vádhatóságok 2020-ban bejelentették, hogy véleményük szerint a brit kislány valószínűleg már nem él, és feltételezett meggyilkolásával egy német állampolgárt gyanúsítanak, akit eddig csak Christian B. néven azonosítottak
A gyanúsított jelenleg hétévi börtönbüntetését tölti, miután megerőszakolt egy 72 éves amerikai nőt ugyanabban a portugáliai térségben, ahonnan Madeleine McCann eltűnt, de Madeleine ügyében eddig nem emeltek vádat ellene.
Christian B. folyamatosan tagadja, hogy köze lett volna a kislány eltűnéséhez.
Madeleine McCannt, akinek múlt pénteken lett volna a huszadik születésnapja, eltűnése óta Marokkótól Belgiumon, Svédországon, Kanadán és Dubajon át Ausztráliáig a világ szinte minden pontján látni vélték, de eddig sehol nem akadtak a nyomára.