Az első komolyabb baleset mindjárt az első JAS 39-es prototípussal esett meg 1989-ben a hatodik repülésén. Az elképesztően szeles időben végrehajtott leszállás közben bekövetkezett zuhanást filmre is vették, a pilóta nem katapultált, viszont megúszta egy könyöktöréssel és néhány kisebb töréssel.
1993-ban aztán ugyanez a pilóta került megint bajba egy Gripen fedélzetén: ezúttal katapultálnia kellett, ami nem csoda, hiszen tűz is kiütött. Két hónappal ezt megelőzően ellenőrizték a gépet és nem lett volna szabad repülni vele.
Hat évvel később már egy szimulációs gyakorlat közben, a svéd légierő kötelékében zuhant egy tóba a JAS 39A, a katapultáló pilótát helikopterrel mentették ki a vízből. 2005-ben az ugyancsak gyakorlatozó gépet egyszerűen nem tudta uralni a pilóta, aki ezért a katapultálást választotta. Egy év múlva már a cseh légierőnek kellett bosszankodnia: egy svédországi gyakorlaton csak landolás után vették észre, hogy nem működik megfelelően a gép fegyverzete.
2007-ben a svéd légierő pilótája kényszerült akaratán kívül katapultálni, szerencséjére nem esett baja. Ekkor leállították az összes C és D típusú Gripent, és később komoly átalakításokat eszközöltek. Ugyanebben az évben a svéd légierő egyik Gripenje túl közel került egy személyszállítóhoz, de erre alighanem protokollokokból és nem műszaki meghibásodás eredményeként került sor. 2009-ben a hasán hozta le a gépét egy pilóta, ezt az esetet még mindig nem vizsgálták ki. Feltételezés szerint emberi mulasztás történt, egy szemtanú ugyanakkor azt mondta, hogy látta összetörni a gép orrfutóját. 2010-ben pedig arra derült fény, hogy fel sem kell szállnia a Gripennek egy kis galibáért, ekkor ugyanis, feltehetően egy mulasztásnak köszönhetően, túlfutott a kifutópályán és felborult.
A szerdán balesetet szenvedett gép, a 30-as oldalszámú Gripen volt az első, mely 2005-ben elkészült a Magyar Honvédség számára a Saab cég svédországi Linköpingben lévő gyárában. Sem ez a példány, sem a többi 13 nem új gyártású gép volt, hanem korábban, a 90-es évek végén gyártott előző változatú (A) gépekből építették át őket az exportváltozatra (EBS HU). Ezért a magyar gépeket szakmai körökben szokás öszvérként is emlegetni: számos fődarabjuk felújítva, megerősítve az eredeti, lényegében csak a törzsük új építésű. Minderre 2003-ban, a szocialista–liberális kormány szerződésmódosítása miatt volt szükség: akkor ugyanis úgy döntöttek, hogy a gépeket alkalmassá kell tenni légi utántöltésre és precíziós bombázásra is.
Az eredetileg az első Orbán-kormány által 2001 decemberében megkötött szerződés ezzel közel kétszeresére drágult. 12 év távlatából az sem mellékes, hogy a magyar Gripenek a mai napig nem hajtottak végre légi utántöltést és bombavetést, amiért tulajdonképpen a módosításokat megrendelték. A kecskemétiek a mai napig csak gépágyújukat használják földi célok ellen, mint történelmi elődeik, a Puma-század Messerschmitt-pilótái az 1944–1945-ös magyarországi harcokban.
