Kodály Zoltán az 1930-as évektől már egyértelműen azt helyezte előtérbe, hogy zenetörténeti emlékek híján a népzenéből merítsen – egy új tudományágat alapított: az összehasonlító népzenetudományt. 1941-ben már nemcsak az iskolás gyermekek szisztematikus zeneoktatását követelte, hanem az óvodásokéért is mindent megtett, miközben megjelentette a többszólamú éneklés „gyakorlati tankönyvét” (Bicinia Hungarica). Zenepedagógiai tervei fővárosi és országos támogatást élveztek.
A világháborús veszély idején a nemzeti függetlenség iránti törekvésből írta meg először a Norvég leányok című kórusművét, majd sorban a Petőfi-kórusokat. 1942-ben nyugdíjas tanárként oktatott tovább a Zeneakadémián – a Magyar Érdemrend középkeresztjével tüntették ki, és ezt az évet a Magyar Dalegyesületek Országos Szövetsége Kodály-évvé nyilvánította. 1945-ben az MTA rendes tagjává választották. A háború lezárásakor zsidókat bújtatott, amiért ő maga is arra kényszerült, hogy egy zárdapincében rejtőzzön el. E helyütt született a Missa Brevis, aminek már korábban elkészült orgonaváltozatát 1945 februárjában mutatták be az Operaház ruhatárában.
Minden időszakban elismert
1958-ban megözvegyült, majd egy évvel később feleségül vette az 1940-es születésű Péczely Saroltát – ő máig a Kodály-társaság tiszteletbeli elnöke.
A világháború után sem szűnő népszerűsége és elismertsége okán a Nemzetgyűlés egy külön törvény alapján tizedmagával tagjai közé fogadta Kodályt, aki 1949-ig az MTA elnökeként is szolgált. 1948-ban, 1951-ben és 1957-ben is Kossuth-díjjal tüntették ki; a forradalom idején az MTA tiszteletbeli elnöke volt. 82 esztendős korában portréfilmet készítettek róla, két évvel később hunyt el, szívrohamban.
