Debrecenben született, édesapja Hankiss János irodalomtörténész volt. Egyetemi tanulmányait Eötvös-kollégistaként az ELTE angol-francia szakán végezte, 1950-ben diplomázott. Ezt követően volt exportelőadó, 1953–1962 között az Országos Széchényi Könyvtár tudományos munkatársa. Az 1956-os forradalom után hűtlenség és államellenes összeesküvés vádja miatt tíz hónapot töltött vizsgálati fogságban, majd bizonyítékok hiányában felmentették.
Hankiss Elemér 1963-tól az Európa Kiadó angol-amerikai-nyugatnémet szerkesztőségét vezette, 1965-tól 1975-ig az MTA Irodalomtudományi Intézetének főmunkatársa volt. 1975-től csaknem húsz éven át az MTA Szociológiai Kutatóintézetének értékszociológiai és módszertani osztályát irányította, 1996 és 1998 között az intézet igazgatója volt. 1989 és 1997 között az ELTE jogi karának Politológia Tanszékén egyetemi tanár. 1993-ban a Magyar Szociológiai Társaság alelnöke lett, majd egy évvel később a szervezet elnökévé választották.
1990 és 1993 eleje között a Magyar Televízió elnökeként aktívan részt vett a magyar közéletben. Tanított a pesti, a szegedi és a Közép-európai Egyetemen, s több külföldi egyetem (Stanford, Georgetown, firenzei Európai Egyetem) vendégprofesszora volt. 2000 óta a princetoni The Gallup Organization tudományos tanácsadója, 2006-ig a Joseph Pulitzer-emlékdíj Alapítvány kuratóriumának elnöke volt.
Kutatási területe az 1960-as években elsősorban az irodalomelmélet, az 1970-es évek eleje óta a szociológia, főként értékszociológia, majd az 1980-as években a politikai szociológia. Az Érték és társadalom (1977), Társadalmi csapdák (1979), Diagnózisok (1982) és a Diagnózisok 2. (1986) című jelentős tanulmánygyűjteményeiben a magyar társadalom helyzetét vizsgálta és a jövőre nézve igyekezett előrejelzéseket felállítani.
Ugyanezzel a szándékkal írta meg a Kelet-európai alternatívák című művét 1989-ben. 2002-es Tízparancsolat ma című munkájában arra a kérdésre keresi a választ, hogy érvényes-e ma még a Tízparancsolat, és ha igen, akkor mit jelenthet a modern világban élő embernek? Új diagnózisok című tanulmánykötetében a magyar politikai rendszerváltozás (1989) tanulságait elemezte. 2012-es A Nincsből a Van felé című munkájában a legfontosabb emberi kaland, az emberi lét értelmének felkutatását helyezi középpontba.
