A Taganka a szabadság szigete volt egy, a szabadságot csak hírből ismerő világban, s hiába vált világhírűvé, nehéz időket élt át. Ljubimov egyre többször került összeütközésbe a hatalommal, amely 1984-ben állampolgárságától is megfosztotta az éppen Londonban rendező Ljubimovot. A peresztrojkával 1989-ben rehabilitálták, újra játszani kezdték a darabjait, ám ekkor a társulat kettéválása rázta meg a színházat. Ljubimov azonban kérlelhetetlenül ment tovább, egyre-másra születtek a felejthetetlen előadások, színészeivel azonban folyamatosan harcban állt. A sokadik konfliktus után élete alkonyán, az alapító-főrendező 2011-ben végleg szakított a Tagankával. Ezután 94 évesen még a Vahtangov Színházban vitte színre Dosztojevszkij Ördögök című regényét, a Bolsojban Borogyin Igor hercegét, utolsó rendezése pedig az Új Operában Vlagyimir Martinov zenéjére Moliére Nők iskolája című darabja volt.
A Taganka kétszer, 1976-ban és 2001-ben vendégszerepelt Budapesten is, Ljubimov pedig a Vígszínházban még 1978-ban színre vitte a Bűn és bűnhődést, majd rá egy évre Szolnokon Trifonov Cseréjét, 1981-ben a Nemzetiben a Háromgarasos operát, 1982-ben az Erkel Színházban pedig a Don Giovannit. Az 1976-os vendégjáték alkalmával ismerkedett meg későbbi feleségével, Koncz Katalin újságíró-tolmáccsal, s 1999 óta magyar állampolgár is. Hogy mit jelent neki Magyarország, arról lapunknak adott egyik interjújában is beszélt. „Mindenekelőtt olyan kis országot, amely 1956-os morális tartásával, bátorságával kivívta a tiszteletemet. Ma saját országomnak tartom, ahova szívesen jövök haza s töltöm el az időm a családom körében” – fogalmazott.
