Fotó: Fortepan / Album045
Önként vállalva az üldöztetést és a szenvedést 1945 után a nyugatra távozás helyett felkereste Husák belügyi biztost, hogy tiltakozzon a csehszlovákiai magyarokat a Benes-dekrétumok miatt érő üldözés és jogfosztás ellen. Válaszul letartóztatták, majd átadva őt az NKVD-nek több ezer felvidéki magyar társával együtt a Szovjetunióba hurcolták, ahol tíz év Gulag-kényszermunkára ítélték. Távollétében 1947-ben Pozsonyban kötél általi halálra ítélték. Négy évvel később az ítélet-végrehajtásra hozták őt vissza súlyos betegen Csehszlovákiába, ahol halálos ítéletét kegyelemből életfogytiglanra változtatták.
Esterházy 12 évig szolgálta népét hivatásából fakadóan keresztény politikusként, majd 12 évig szenvedett kommunista börtönökben. A keresztény emberség és a felebaráti szeretet tanújaként népéért és ellenségeiért egyaránt imádkozva, 1957. március 8-án, a szentség jegyében halt mártírhalált a morvaországi Mírov börtönében. Az életét és lassú kínhalálát vezeklésként Istennek felajánló Esterházy elhunyta után a hatóságok még földi maradványait sem voltak hajlandóak kiadni.
Tragikus történetéről csak a rendszerváltás óta lehet beszélni. Temetésére csak elhunytának hatvanadik évfordulóján kerülhetett sor, végakaratának megfelelően szülőföldjén, a zoboralji Alsóbodokon. 2019-ben Krakkóban megindult boldoggá avatási eljárása. A hamvait befogadó Esterházy János Zarándokközpont ezt követően új nemzeti kegyhellyé változott, amelyet évente zarándokok ezrei keresnek fel a négy visegrádi országból. Tisztelői nemcsak a jelenleg is folyamatban lévő boldoggá avatási eljárásért, de Isten szolgája, Esterházy János lelki testamentumának megvalósításáért, a közép-európai népek megbékéléséért is imádkoznak.
