A mohácsi csatavesztést követően az országban két király – a rendek által megválasztott Szapolyai János és a Jagelló–Habsburg megegyezés alapján jog szerinti Habsburg Ferdinánd – vetélkedett az országért. Míg Ferdinánd a Magyar Királyság északnyugati területei fölött diszponált, János török vazallusként ugyan, de Kelet-Magyarországot, benne Erdély területét birtokolta. A török fosztogatások azonban ráébresztették a két királyt arra, hogy az egész ország belepusztul, ha nem kerül egy korona alá, ezért Váradon 1538-ban megegyeztek abban, hogy János halála után Ferdinándra száll az egész királyság. Szapolyai két év múlva elhunyt, azonban halála előtt megeskette a hozzá hűnek gondolt főurakat – többek között Török Bálintot, Petrovics Pétert és Fráter Györgyöt – arról, hogy biztosítják özvegye, Jagelló Izabella királyné és csecsemő fiuk, János Zsigmond számára a nagyobbik országrészt –, és ezzel kezdetét vette az ország három részre szakadása és pusztulása. Ennek volt első állomása Buda török elfoglalása, amelyre éppen 475 évvel ezelőtt, 1541. augusztus 29-én került sor, napra pontosan 15 évvel a mohácsi csata után – nem véletlenül jellemezte augusztus 29-ét az első szekciót levezető Pálffy Géza mint a magyar történelem fekete napját.
Hogy jobban megértsük Szulejmán szultán Magyar Királysággal kapcsolatos elképzeléseit, Fodor Pál némiképp vázolta a porta több generáció óta kitapintható nagy stratégiáját, amelynek részeként a 15. században felmorzsolták a balkáni kis országokat, visszaszorították az itáliai kereskedőállamokat, hódoltatták a kis-ázsiai török államokat, és megszerezték Konstantinápolyt. Hazánk ezután került a török érdeklődés középpontjába, részint a vallásilag megosztottá váló és a Habsburg–Valois ellentéttől meggyengült keresztény Európa mint könnyű préda felcsillanásával, részint a Délvidék pusztulásával, mert az itt zsákmány nélkül maradó ruméliai „lobbi” már Mátyás király halála óta sürgette a birodalom támadását Magyarország ellen. Ehhez jött hozzá, hogy hazánk egyébként is a törökök útjában volt:
a szultán ekkorra a világhódító Nagy Sándor, illetve – Konstantinápoly nyomán – Bizánc örököseként, „török-római császárként” az egész keresztény világra igényt formált
a központjaival, Rómával, Béccsel és a többi nagyvárossal.
Ennek akadálya volt a makacs „Ungurusz”, a keresztes hadjáratokat szervező, az iszlám birodalomra törő harcosok földje, amely átvette Bizánctól az ősellenség szerepét a török közgondolkodásban. Az 1520-ban trónra lépő Szulejmán számára is a magyar front fontosabb volt az iráni, az indiai-óceáni vagy akár a földközi-tengerinél.
Nándorfehérvár 1521-es elfoglalása után – és egy végül meg nem történt 1525-ös offenzívát követően – sor került hát a mohácsi csatára, amely elhitette a törökökkel, hogy innentől semmi sem állíthatja meg a birodalmat. Hogy mekkorát tévedett, arra Bécs két kudarcos ostroma (1529, 1532) sem döbbentette rá; végül 1541-ben megszállta Budát, a rákövetkező években pedig voltaképpen megteremtette a török hódoltság területét az ország egyharmadán.
De áttörő sikert nem tudott elérni, végül 1547-ben kiegyezett Habsburg Ferdinánddal, és de facto elfogadta az osztrák császár uralmát a nyugati országrész felett.
Azonban nemcsak az oszmánoknak volt nagy stratégiájuk, hanem a Habsburgoknak is – erről Korpás Zoltán beszélt. V. Károly német-római császár, Ferdinánd rokona igazán ádáz ellensége volt az oszmánoknak, hozzájuk képest másodlagos, illetve harmadlagos gondnak látta a protestantizmust, amely szétfeszítette birodalmát, illetve a francia Valois-ház térnyerését – politikájában szándékai ellenére mégis megfordult a sorrend az ellenük tett valós lépések tekintetében.
Bár már 1538-ban tető alá hozta a Szent Ligát – amely végül három évtizeddel később valóban megsemmisítő vereséget mért Lepantónál a török flottára –, és százezer katonát küldött 1532-ben Bécs védelmére, valódi csapást ekkoriban nem tudott mérni a törökökre. Pedig 1538-ban riválisával, Ferenc francia királlyal is fegyverszünetet kötött, és a váradi egyezményre is volt ráhatása – ezzel akarta Szapolyai Jánost tehermentesíteni, aminek fontos szerepe lett volna a terveiben. Tudatosan kétfrontos harcot akart indítani ugyanis Szulejmán ellen: a szárazföldön, Magyarországon keresztül és ezzel egy időben a Földközi-tengeren. Előbbit végül a császár pénztelensége és a velenceiek kétkulacsos politikája akadályozta meg, utóbbi pedig, dacára egy sikeres boszniai hódításnak, súlyos kudarccal végződött: az Algéria elleni partraszállás, amelyet a muszlim kalózoktól szenvedő Spanyolország elitjének követelései nyomán Károly végül a közép-európai hadjárat elé helyezett, a csúfos visszavonulás mellett mintegy nyolcszázezer aranydukátos költséggel is sújtotta a Habsburg uralkodót.
Mi több, egy évvel később kiújult a háborúja Ferenccel is – és nem elhanyagolható az a tény sem, hogy a francia király, a „legkeresztényibb uralkodó” aktív szövetséget kötött a keresztény világ ellenségével, az Oszmán Birodalommal, így Károly terve, hogy német-spanyol hadakkal Magyarországra vonul, meghiúsult.
Obroni Teréz némiképpen árnyalni próbálta az „országvesztő” Fráter György szerepét: mint elmondta, alapvetően azok a Szapolyai-párti főurak kiáltották ki Buda elveszejtőjének, akik Ferdinándhoz húztak, és a saját felelősségüket akarták kisebbíteni ezzel. Fráter György szerepe minimum véleményes: való igaz, hogy követeket küldött János király halála után a portához, hogy török segítséget kérjen a csecsemő János Zsigmond uralmának megőrzéséhez, de Szulejmánnak nem volt szüksége efféle legitimációra, magától is fegyvert fogott, amikor megtudta, hogy Ferdinánd haddal készül Buda ellen. Fráter György viszont később Ferdinándra próbálta tolni a felelősséget abban, hogy ha a császár-király nem indul meg elhamarkodottan Buda ellen, nem provokálja ki a főváros török megszállását – amelyet egyébként, vélekedése szerint, legfeljebb egy hónapig tudtak volna tartani Szulejmán ellenében. Az elfoglalt Budáról kikerülő tanúk – akik maguk is szóbeszédekből tájékozódtak – csaknem egybehangzóan Frátert jelölték meg fő bűnösként, és sokan pletykálták, hogy
Fráter azért játszotta török kézre Budát, mert ő akart lenni a törökök által kijelölt magyarországi kormányzó.
Sőt, azt is beszélték, hogy Fráter György királyi méltóságra tör, és feleségül akarja venni az özvegy királynét – tromfolt rá nagy derültség közepette Szymon Brzezinski, aki lengyel, illetve Jagelló-szempontból vizsgálta meg Buda elestét. Mint mondta, a lengyel elit élénk figyelemmel és óvatos szimpátiával kísérte Magyarország sorsát, és nem véletlenül adta hozzá Jagelló Zsigmond király lányát, Izabellát Szapolyai Jánoshoz 1539-ben: egy lengyelbarát szomszédot akart, hogy jobban védekezhessen mind a Habsburgok, mind a törökök ellen. Mindazonáltal Ferdinándot még mindig a kisebbik rossznak gondolva Zsigmond óva intette az osztrák uralkodót János halála után attól, hogy haddal induljon Buda ellen, jól sejtve, hogy Szulejmán azt nem fogja annyiban hagyni. Zsigmond számára egy esetleges Kelet-Magyarországért folytatott háborúnál sokkal fontosabb volt lánya, unokája biztonsága és tisztes öröksége. Követei ezért sorra járták Ferdinánd és Szulejmán udvarát, előbbit a váradi béke alapján való megállapodás, utóbbit Izabelláék felé irányuló általános szimpátia megnyerése céljából. Bár katonákat is küldött lánya őrizetére, a valódi küzdelemből kimaradt, és elismerte a Habsburgok elsőségét Magyarország fölött.
Ugyanakkor Szulejmán tervei sem voltak egyértelműek Budával, illetve Szapolyai János fiának királyságával kapcsolatban – világított rá Kruppa Tamás. Szerinte legkevesebb két-három álláspont ütközött: az egyik szerint a királynét királyfistul Isztambulba kell vinni, Magyarországot teljesen elfoglalni; a másik szultáni tartomány – szandzsák – formájában bízta volna kormányzóként, és nem királyként János Zsigmondra Magyarország megszerzett területeit; és olyan elképzelés is volt, hogy a kisfiút Isztambulba viszik, ahol – a későbbi havasalföldi és moldvai vajdák példájához hasonlóan – török neveltetést kap, és utána kerül vissza a tartomány élére.
Szulejmán 1540 októberében esküt tett amellett, hogy János Zsigmondot – ötvenezer aranydukát éves adó mellett – meghagyja Magyarország trónján, feltehetőleg beleértve Budát is, hiszen Erdély után később csupán tízezer dukátot kellett János Zsigmondnak adóznia. Aztán talán azért, hogy ebbéli esküszegését „szépítse”, egy levélben még 1550-ben is azt kommunikálta a magyaroknak, hogy csak János Zsigmond nagykorúságáig akarja megtartani Budát és a főbb magyarországi várakat, és csak Fráter György árulása – azaz a váradi egyezmény – és Ferdinánd fenyegetése hiúsította meg, hogy a „saját fiaként szeretett” kisfiút meghagyja Budán. Végül sem János Zsigmondot nem vitte Isztambulba – talán hogy meg ne szakadjon a hozzá hű Szapolyai-ház legitimitása a magyarok szemében egy „janicsárkirály” miatt –, és a gazdag, évi félmillió arany jövedelmű Erdélyt sem szállta meg, hanem átengedte a kis Szapolyainak, talán hogy megerősödhessen és hadsereget tarthasson, ami valamelyest talán alátámasztja azt az elképzelést, hogy mégis vissza akarta ültetni a magyar trónra a fiút, fejtegette Kruppa.
Buda eleste mindenesetre az egész keresztény világot sokkolta – mondta el Bagi Zoltán –, maga Ferdinánd is kötelezte magát a főváros visszafoglalására a gyalui egyezményben, ezt pedig sűrűn számon is kérték a Habsburgokon az erdélyi törökpárti főurak, mint mindenféle egyesülés előfeltételét. Az előkészületek megtörténtek: az 1541-es besztercebányai országgyűlésen Ferdinánd hadjáratot hirdetett, kinevezte Perényi Imre és Báthory András országos főkapitányokat, ezzel párhuzamosan a német-római birodalmi gyűlésen pedig komoly pénzsegélyt szavaztak meg a magyar végvárrendszer megerősítésére és egy nagy hadsereg kiállítására, amely negyvenezer gyalogost és nyolcezer lovast, illetve a megfelelő felszerelést és tüzérséget foglalta magában, és május közepére kellett volna összegyűlnie Bécs alatt Joachim brandenburgi őrgróf vezényletével.
Valois Ferenc lombardiai támadása miatt azonban a német rendek kénytelenek voltak hadaik nagyobb részét a franciák ellen vezényelni, így Esztergomba a tervezett sereg fele érkezett meg, az is csak szeptemberre. De ez kiegészült az osztrák és cseh rendek adóiból kiállított katonasággal, Perényiék tízezresnél nagyobb magyar hadaival, önkéntesekkel, több főúr – például Nádasdy Tamás – saját pénzén toborzott zsoldosaival, és végül szeptember 28-án megkezdődött Pest ostroma. A magyar hadak és Joachim azonban nem egyeztettek, az októberi rohamot csak előbbiek végezték, utóbbi pedig nem sietett a segítségükre, amikor szükség lett volna rá –
Bagi ezért a magyar hadtörténelem legszégyenletesebb eseményének nevezte a felmentő sereg hírére visszavonulót fújó Joachim ostromát,
akinek seregét csak Nádasdy közbelépése mentette meg, amikor a budai pasa az elvonuló utóvédre eresztette háromezer emberét. Nádasdy Tamás végül ezért kapta meg a főkapitányi posztot Perényi helyett, de terveit – egy új, Budát fojtógyűrűbe vonó végvárrendszer kiépítését – végül keresztülhúzta az 1543 után kibontakozó török támadás.