A 29 éves támadó december 12-én, az Ajax elleni csoportmérkőzés 75. percében piros lapot kapott, mert magasra emelt lábbal fejbe rúgta Nicolas Tagliaficót. Az UEFA emiatt a soron következő két mérkőzésről eltiltotta, a német klub pedig a büntetés megfelezéséért fellebbezett. Mivel azonban nem járt sikerrel, Müller a február 19-i, liverpooli összecsapás után a március 13-án esedékes müncheni visszavágót is kénytelen lesz kihagyni.

Pozsonyban kapott nagy pofont a német válogatott, spanyol-fieszta Szófiában
Hiába voltak nagy helyzetei a vendég németeknek, a második félidő elején kapott szlovák gól sokkolta őket.