A szabályozatlan Duna évtizedek óta fenyegette a gyors ütemben fejlődő Pestet és Budát, de a városok elöljárósága nem sok mindent tett az árvíz ellen. Mindennek 1838-ban lett meg a böjtje, bár kezdetben minden a „szokott rend” szerint történt. Az előző év végén sok csapadék esett, majd hirtelen rég nem látott hideg köszöntött be. A folyón jégtorlaszok alakultak ki, és a Duna január 6-án elöntötte Buda mélyebben fekvő utcáit, de néhány nap után visszahúzódott medrébe.
A pesti tanács a fenyegető jelek láttán „védintézkedésre” szánta el magát: az előző, 1775-ös nagy árvíz szintjét elérő gátakat emeltetett homokból és trágyából. Március elején a Duna felső szakaszán megindult az olvadás, de a víz- és jégtömeget a Szentendrei-szigetnél kialakult jégtorlasz visszatartotta.
Budán ekkor már egy ideje csónakon közlekedtek az alacsonyan fekvő, a folyó által elöntött részeken álló házak között, amit a pestiek nagy érdeklődéssel szemléltek. A bajt csak Vásárhelyi Pál látta előre: a Duna szabályozását javasló mérnök épp 1838 márciusának elején írt cikket az Athenaeum című folyóiratba, amelyben megjósolta, hogy a rendezetlen mederben kialakuló jégdugók miatt az 1775-öst is felülmúló árhullámmal kell számolni
Március 13-án délben a várostól északra a jég töredezni kezdett, az ár lefelé indult, de a Csepel-szigetnél keletkezett, a mederhez fagyott újabb jégtorlasz visszaduzzasztotta a vizet. A jeges ár délután Vácnál átszakította a töltést, így a pestiek azt remélték, hogy a folyó már kitombolta magát. A katasztrófa mégis bekövetkezett: a Duna este tízkor átcsapott a Vigadónál emelt töltésen, és elöntötte a belváros alacsonyabban fekvő részeit.
A Nemzeti Színházban a betörő víz miatt kellett megszakítani az előadást. Éjfél felé átszakadt a váci (a mai Lehel térnél lévő), majd hajnalban a soroksári gát is, a víztömeg így már három irányból árasztotta el a várost. A kiöntés miatt a vízszint átmenetileg csökkent, de a Csepel-szigetnél a jég újra feltorlódott, a folyam felső szakaszáról az olvadás miatt újabb árhullám érkezett, így a Duna tovább áradt. A pesti oldalon a Belvárost 203, a Józsefvárost 216 centiméteres víz borította, a Ferencvárosban pedig 2,6 métert mértek.
A tetőzés március 15-én 929 centiméterrel (az addig mértnél másfél méterrel magasabban) következett be, ekkor a Csepel-szigetnél háromméteres volt a szintkülönbség. A felgyülemlett hatalmas víztömeg végül a Duna bal partján távozott, 20 kilométeres körzetben letarolva mindent, ami az útjába került. A szervezett mentés csak március 14-én indult meg, József nádor a pesti hatóságok fejetlenségét látva Lónyay Jánost nevezte ki királyi biztosnak a mentés és segélyezés megszervezésére.
Az áldozatokat az erősebb építésű vagy magasabban fekvő épületekbe csónakon szállították; a két évvel korábban elkészült Ludovika épületében és a majd 1849-ben oly gyászos emlékezetűvé váló Újépületben ezrek találtak menedéket. A mentésben különösen Wesselényi Miklós báró tüntette ki magát, aki ekkor kapta „az árvízi hajós” nevet.
Egyebek között az ő önfeláldozásának köszönhető, hogy az elemi csapás „csak” 153 áldozatot követelt. Annál súlyosabbak voltak az anyagi károk, amelyet 22 millió pengőforintra becsültek. Az árvíz Pest 4254 házából 2281-et döntött össze, 827 súlyosan megrongálódott, a magasabban fekvő Budán 601 épület vált romhalmazzá. Mintegy 50-60 ezer ember vált hajléktalanná, 22 ezren mindenüket elvesztették. Az ár levonulása után Pest városa árvízvédelmi szabályrendeletet hozott, az Országgyűlés pedig 1840-ben törvényben szorgalmazta a gátépítést és a Duna szabályozását.
Budapesten az utolsó jelentősebb árvíz 1876-ban pusztított, a rakpartok kiépülése után már nem volt példa arra, hogy a Duna veszélyeztesse a várost. Az 1838-as nagy árvízre csaknem negyven tábla emlékeztet, a ferencesek belvárosi templomán pedig dombormű emlékezik meg Wesselényi Miklós, az árvízi hajós bátorságáról.
