Magyarországon a törött csontok rögzítésére ő vezette be a gipszkötést, bebizonyítva, hogy bizonyos sérüléseknél a végtag folyamatos rögzítése a gyógyítás fontos tényezője. Kitűnt a ficamok műtéti megoldásaiban, a francia sebészek módszerét tökéletesítve sikeresen végzett súlyos végtagsérülteknél hidegvízfürdő-kezelést. Híres műtéte volt a gégesipoly fedése kettőzött szabad lebennyel, hazánkban elsőként ő végzett sikeres hasmetszést, urológiai (húgykő) műtéteket. Klinikáján bevezette a vizeletvizsgálatot, a gégetükrözést, nevéhez fűződik a műtéti bemosakodás. Új megoldásokat keresett a plasztikai sebészet területén is, akadémiai székfoglalóját 1861-ben „operationes plasticae” címen tartotta a gége, ajak, orr és szemhéjpótlás eseteiről.
Fő szorgalmazója volt az Országos Közegészségügyi Tanács létrehozásának, amelynek első elnöke is volt. Lakásán vasárnaponként vendégül látta a „Balassa-kört”, amelynek Markusovszky Lajos, Lumniczer Sándor, Hirschler Imre, Korányi Frigyes, majd Semmelweis Ignác voltak tagjai, e találkozókon a magyar orvostudomány jövőjét vitatták még. Nevéhez fűződik az Orvosi Hetilap megindítása és az Orvosi Könyvkiadó Társulat megalapozása. Megkapta a Lipót-rendet, még nagyobb kitüntetésnek tekintette, hogy Erzsébet királyné őt választotta magyar orvosául, s ő volt a királyné szülészorvosa, amikor a budai várban 1868. április 22-én Valéria főhercegnő megszületett.
Balassa tíz tanársegédet és 27 műtősebészt nevelt az országnak. A bécsi József-akadémia és a bécsi egyetem is meghívta tanárának, de ő hazája iránti szeretetből Pesten maradt. Az ezrek életét megmentő orvos tanári működésének negyedszázados évfordulóját 1868-ban fényes külsőségek között ünnepelték meg. Balassa János még abban az évben, 1868. december 9-én vakbélgyulladásban halt meg. Doktori disszertációjában 24 évesen így határozta meg hitvallását, amelyhez élete végéig tartotta magát: „Vivere aliis non sibi, constituit essenciam medici” – Másoknak élni, nem magának, ez adja meg az orvos lényegét.
