Minthogy a kijelölt űrhajósok mindegyike vadászrepülő volt, sőt sokan közülük tesztpilótaként is működtek, hozzászokhattak a fejlesztés alatt álló repülőkhöz. És ők többször jelezték is a NASA mérnökeinek, hogy az a parancsnoki modul, amelyet februárban terveztek felbocsátani az űrbe, még január végén sem volt közel sem kész. Mindennap bütyköltek valamit rajta, egy pillanatig sem lehetett kijelenteni, hogy az űreszköz aznapi állapota lesz a végleges. A NASA illetékesei azonban hajthatatlanok voltak, tartani kellett a határidőt, különben – rettegtek őszintén – a szovjetek a végén még megelőzik Amerikát a Holdon.
A január 27-i visszaszámlálástesztet kezdettől fogva hibák hátráltatták. Először furcsa szagot éreztek az asztronauták a parancsnoki modult tisztaoxigén-atmoszférájában, ezt egy óráig tartott megszüntetni. Ezután a kommunikációs rendszer mondta fel a szolgálatot. Grissom a fülsiketítő zajban kiabálta oda társainak, hogy „hogyan akarunk eljutni a Holdra, ha a két épülettel arrébb ülő emberekkel sem tudunk beszélni”. A rádió problémáján dolgoztak a technikusok, a tesztet pedig felfüggesztették. Az űrhajósok azonban a parancsnoki modulban maradtak.
Aztán délután 6 óra 31-kor mindössze ennyit jelentettek az űrhajósok: Tűz van. A monitorokon látták a repülésirányítók, hogy fehér füst szűrődik ki az űrhajóból, az űrhajósok pedig kétségbeesetten próbálnak kiszabadulni. A tűzoltókészülékekkel rohanó technikusok gázálarcai nem működtek rendesen, így mire fel tudták nyitni a modul ajtajait és hozzáfértek a bent ülőkhöz, már mind halottak voltak.
A tragédiát másfél éves leállás és mindenre kiterjedő vizsgálat követte. Ez kiderítette, hogy az Apollo–1 űrhajó ezer sebből vérzett. A tűz közvetlen oka valószínűleg egy hibás szigetelésű vezeték lehetett Grissom ülése mellett, amelyből egy szikra csapott ki. Ez pedig a tiszta oxigénben, amellyel megtöltötték a parancsnoki modul légterét, azonnal hatalmas tüzet okozott. Rengeteg könnyen éghető anyagot zsúfoltak a modulba, nejlonból voltak a mozdítható tárgyakat helyükön tartó hálók, műanyaghabbal borították a falakat. Emellett hosszú listát írtak a tervezés megannyi hibájáról, például arról, hogy miért csak sokadik próbálkozásra tudták kinyitni a modul csapóajtaját. Az amerikai szenátus a NASA-tól függetlenül is lefolytatta a maga vizsgálatát, és elmarasztalta a hivatalt azért, mert nem jelezte előre a tervezés hibáit (miközben a politikusok sürgették a fejlesztést annyira, hogy az végül tragédiába torkollott).
