Az MLSZ elkészítette a 2012-2013. bajnoki év NB II-es csoportbeosztásait. Összesen nyolc „árnyékcsapat” vesz részt a küzdelmekben, míg a Puskás Akadémia FC önálló klubként indulhat. A Debrecen, az Újpest és a Honvéd második csapata a Keleti csoportban, míg a Kaposvár, a Ferencváros, a Haladás, a Győr és a Paks hasonló alakulatai a Nyugati csoportban fognak szerepelni,
Az NB II Keleti csoportjának mezőnye:
Balmazújváros, Békéscsaba, BKV Előre, Cegléd, Debrecen II, Honvéd II, Kazincbarcika, Mezőkövesd, Nyíregyháza, Orosháza, Putnok, Szeged, Szolnok, Újpest II, Vasas, Vác.
Az NB II Nyugati csoportjának mezőnye:
Ajka, Baja, Csákvár, Ferencváros II, Gyirmót, Győri ETO II, Haladás II, Kaposvár II, Kozármisleny, Paks II, Puskás Akadémia FC, Sopron, Szigetszentmiklós, Tatabánya, Veszprém, Zalaegerszeg
A 2013-2014-es idényben már egycsoportos lesz az NB II, az előttünk álló szezonban így mindkét csoportban nagy lesz a harc a legjobb nyolcba kerülésért.