Egy sikertelen reformkori próbálkozás után az 1850-es évek második fele hozta meg a lehetőséget a Rikánbelőli Kommunitásnak, hogy Háromszéken középiskolát alapítson.
Elsősorban a kommunitás tagjai – a sepsi-, kézdi- és orbaiszéki református és unitárius lelkészek –, valamint főurak, tanítók és hivatalnokok vettek részt a munkában, amelynek helyi mozgatója Gödri Ferenc esperes volt. 1855-ben felkérték báró Kemény Ferencet és gróf Mikó Imrét, az Erdélyi Református Egyházkerület főgondnokait, valamint Bodola Sámuel püspökhelyettest az iskola ügyének pártolására az egyházkerületi közgyűlésben.
Gróf Mikó Imre hamar felismerte az iskola alapításának szükségességét, és latba vetette befolyását, illetve jelentős pénzadományokkal támogatta az ügyet már kezdetektől fogva.
Az iskoláért több település versengett, végül a központi fekvésű Sepsiszentgyörgy került ki győztesen, mivel telket és jelentős pénzbeli hozzájárulást ígért.
Az iskolaalapítók több pártra szakadtak abban a kérdésben, hogy ipariskola, reáliskola vagy gimnázium létesüljön-e, végül a gimnázium mellett döntöttek, amely értelmiségi pályára készíti fel a diákokat.
A tanítás a református templom mellett indult meg, egyetlen tanár – Vajna Sándor – kapott kinevezést, a tantárgyak nagy részét tanítók oktatták. Még ki sem teljesedett az algimnázium, ám a gondnoki kar hamar felismerte, hogy bentlakásra lenne szükség, mert az iskola csak így érheti el igazi célját. Az 1863–64-es tanévben beköltözött az intézmény az iskola mai helyén álló épületeibe, ahol istállóból, szekérszínből alakítottak ki osztály- és hálótermeket.
Ekkor már három rendes tanár fizetésére volt fedezet, az elöljáróság gondolkodni kezdett azon, hogy főgimnáziummá fejlessze az intézményt. Amikor az első érettségiző évfolyam 1893-ban elhagyta az alma matert, az korszerű és jól felszerelt tanintézmény volt. Azonban be kellett látni, hogy a piac és egy forgalmas utca szomszédságában az iskola helye nem megfelelő pedagógiai és egészségügyi szempontból, ezért úgy döntöttek, egy új internátusépületet kell építeni a város egy csendesebb pontján.
Az első világháború után Csutak Vilmos akkori igazgató úgy szervezte meg a kollégiumot, hogy az épületbe befogadta a polgári leány- és fiúiskolát és az elemi iskolát is, így naponta késő estig folyt az oktatás. Az igazgató maga járta a falvakat, és biztatta a szülőket, a tehetséges gyermekeket: tovább kell tanulni, erre a Székely Mikó Kollégium lehetőséget ad. A két világháború között a kollégium csak a belső erejére támaszkodhatott, Csutak Vilmosnak mégis sikerült közadakozásból a református leányiskola számára új épületet emeltetnie.
Az államosítás után többször változott a tanintézmény neve. A líceumi tanulók órarendjében heti kétnapnyi tanítási órában oktatták a szaktantárgyakat, havonta egy hétig pedig műhelygyakorlaton vettek részt.
Az 1989-es fordulat kétszeresen is változást hozott: visszaállt a magyar tannyelvű oktatás, és a gimnáziumi jelleg lehetőséget nyitott a fiataloknak humán értelmiségi pályára is lépni. Testvériskolai kapcsolatok épülhettek ki, és új hagyományokat is teremtettek. A hazai és külföldi versenyeken, fesztiválokon való részvétel új távlatokat nyitott a megméretésre.
Ma több mint 1300 diák tanul az iskolában. A 150 éves tanintézmény a történelmi Háromszék – ma Kovászna megye – legnagyobb és legeredményesebb magyar tannyelvű gimnáziuma.
