1992-ben Mladicot bízták meg a Boszniai Szerb Hadsereg megszervezésével, Szarajevó ostromát már ő vezényelte le. A három évig tartó öldöklés több mint tízezer áldozatot követelt a boszniai fővárosban, nagyrészt a szerb tüzérség akciói miatt. De ez még nem volt elég: 1995 júliusában 8700 bosnyákot végeztek ki az általa vezetett szerb alakulatok Srebrenica közelében. A délszláv háborúkban korábban is volt példa ugyan tömegmészárlásokra, de mind közül a srebrenicai volt a legbrutálisabb. A muzulmán férfiakkal néhány napon belül végeztek, többnyire tarkólövéssel. Az eset gyorsan kitudódott, ezért a hóhérok kiásták a tömegsírokat, és kisebb tömegsírokba helyezték szét az emberi maradványokat, hogy elrejtsék bűntetteiket. Így állt elő olyan helyzet, hogy az elmúlt években a DNS-minták alapján olyan áldozatot is azonosítottak, akinek öt különböző helyről kerültek elő a csontjai. A srebrenicai vérengzés mindenesetre annyira felháborította a világ közvéleményét, hogy a nyugati hatalmak cselekvésre szánták el magukat: augusztusban a NATO beavatkozott a konfliktusba, amelyből a szerb erők kerültek ki vesztesen.
Nem úgy Mladic, aki a háború után továbbra is élvezte a Boszniai Szerb Köztársaság vezetőinek bizalmát. Miután ez a nemzetközi nyomás miatt végképp tarthatatlanná vált, elmozdították tisztségéből, Mladic pedig meg sem állt Szerbiáig. Bár nemzetközi körözést adtak ki ellene, nem esett nehezére a bujkálás, családi eseményeken tűnt fel, fotósok kapták le az Adrián napozás közben. A hurok csak Milosevic bukása után kezdett szorulni a nyaka körül. Akkoriban már ritkábban tűnt fel, családtagjai pedig olyan pletykákat kezdtek terjeszteni, hogy Mladic meghalt. Még a holttá nyilvánítását is kérelmezték a szerb hatóságoknál, hogy állításuknak nyomatékot adjanak, hiszen Mladic körözését ezáltal megszüntették volna. Végül egy rokonánál találtak rá a vajdasági Lázárföldön, ahol a férfi egy kis családi házban élt.




