A június 16–17-i második fordulóban az iszlamista Muzulmán Testvériség mozgalom jelöltjére, Mohammed Murszira és az előző rezsimben magas hivatali beosztásokat betöltő tábornokra, Ahmed Safíkra lehetett szavazni.
A voksoláson az 50 millió választójogosult nagyjából fele vett részt; hírek szerint nagyon csekély, néhány tized százalék a különbség a két jelölt támogatottsága között. Mind Murszi, mind Safík győztesnek nyilvánította magát, a hivatalos eredmény csütörtökre tervezett kihirdetését elhalasztották. A választási bizottság azzal indokolta ezt, hogy mindkét jelölt stábjából nagyon sok kifogás érkezett, és mindegyiket ki akarják vizsgálni.
Ismert, az egyiptomi parlament megőrizte törvényhozói hatalmát, és működése továbbra is érvényes a Muzulmán Testvériség nevű iszlám szervezet hétfői bejelentése szerint.
