Az 59 éves Junckert a 751 tagú EP-ben titkos szavazással 422 szavazattal, 250 ellenében választották meg az unió központi javaslattevő-végrehajtó intézményének vezetőjévé. A szabályok értelmében az EP-képviselők egyszerű többsége, 376 voks is elég lett volna. Jean-Claude Juncker a szintén néppárti, portugál José Manuel Barrosót váltja az Európai Bizottság élén. Barroso kétszer öt éven át vezette az intézményt.
A szavazást megelőző strasbourgi parlamenti plenáris vitát a politikai fősodorhoz tartozó pártok képviselői részéről sűrűn felcsattanó taps, az euroszkeptikusok részéről számos közbekiabálás és támadó hangvétel, Juncker elnökjelöltje részéről pedig néhány szellemes visszavágás, illetve nagy visszhangot kiváltó kijelentés jellemezte.
Beszédében Juncker egyaránt méltatta az Európa újraegyesítésében kiemelkedő szerepet játszó, kereszténydemokrata Helmut Kohl egykori német kancellár államférfiúi érdemeit, valamint a néhai Francois Mitterrand szocialista párti francia köztársasági elnök kijelentését, miszerint a nacionalizmus csak háborúhoz vezet. „Mitterrandnak igaza volt” – mondta Juncker, és ez a kijelentése az egyetértés és a nemtetszés egyaránt hangos megnyilvánulásait váltotta ki az ülésteremben.
Marine Le Pen, a szélsőjobboldali francia Nemzeti Front vezetője azzal vádolta Junckert, hogy „kárhozatba viszi” a népeket. Szerinte a májusi EP-választáson – amelyet Franciaországban az általa vezetett mozgalom nyert meg – a franciák „nemet mondtak Brüsszelre, nemet a demokrácia elkobzására, nemet a regresszív politika ostobaságára és a szervezett tömeges bevándorlásra”. A Nemzeti Front vezetője „halálos tervnek” nevezte az uniót. Azt mondta, hogy Junckernek nincs semmilyen legitimitása – hiszen senki nem választotta őt meg az EP-választásokon –, és hogy végül az egész Európai Bizottságot „az európai technokrata struktúrával együtt a történelem szemétkosarába kell majd kidobni”. Juncker válaszában köszönetet mondott Le Pennek azért, amiért nem szavaz rá.
Nigel Farage, a brit UKIP – szélsőségesen unióellenes párt – vezetője szerint a szovjet időket idézi, hogy az EP csak egy jelöltről szavazhat. A brit Európa-ellenes politikus ugyanakkor elismerte, hogy Junckernek jobb humorérzéke van, mint azoknak, akikkel eddig Brüsszelben találkozott. Farage kritizálta a szavazás titkos voltát is, vagyis azt, hogy a képviselők névvel nem vállalják a felelősséget állásfoglalásukért.
Juncker erre azt mondta, ő sem volt a híve ebben az esetben a titkos szavazásnak, de „engedményt tettek Farage-nak”, nehogy kiderüljön, hogyan szavazott valójában. Ezen megjegyzés mögött az a közkeletű brüsszeli vélekedés húzódik meg, miszerint Farage-nak az a legfontosabb, hogy minden lehetséges módon árthasson a Juncker megválasztása ellen korábban következetesen tiltakozó David Cameron brit kormányfőnek.
Az uniós országok állam-, illetve kormányfőinek testülete, az Európai Tanács június 27-én Brüsszelben döntött úgy – David Cameron és Orbán Viktor ellenszavazata mellett –, hogy Luxemburg 18 éven át volt, keresztényszociális pártállású miniszterelnökét jelöli a tisztségre. A tagállami csúcsvezetők jelölésének elnyeréséhez minősített többségre volt szükség a lisszaboni szerződés értelmében.
E szerződés – amelynek a szabályai alapján most először választottak európai bizottsági elnököt – kimondja, hogy a tagállami csúcsvezetőknek az EP-választások eredményének figyelembe vételével, a megfelelő konzultációk lefolytatása után kell bizottsági elnököt jelölniük.
A jobbközép, kereszténydemokrata irányzatú Európai Néppárt márciusban, az idei EP-választási kampány előtt Junckert választotta meg csúcsjelöltjének, a május 22–25-i EP-választásokon pedig a néppártiak szerezték meg a legtöbb EP-mandátumot.
A jelölés kapcsán Pogátsa Zoltán közgazdász azt hangsúlyozta a Lánchíd Rádióban, hogy Junckerrel az offshore királya kerülhet az Európai Bizottság élére. Hangsúlyozta: nem véletlen, hogy a kis Luxemburg már a harmadik EB-elnököt adhatja, ugyanis ez az ország egy szövevényes gazdasági hálózat középpontja, amely az egész EU-t átfonja, sőt túlnyúlik rajta. Pogátsa szerint Juncker széles körű támogatottsága összefügg azzal, hogy egy adóparadicsom kormányfője volt. Emiatt európai bizottsági elnökként sem várható tőle, hogy fellépjen az EU-nak sok kárt okozó offshore ellen.
