Az újság, amely a légi szerencsétlenség okait feltáró vizsgálatokhoz közel álló forrásokra hivatkozik, azt írta, hogy ezt a lehetőséget sem zárják ki a történtek feltárása során. Ennek oka az, hogy a pilóták egyes helyzetekben, mint például amikor a füstjelzők bekapcsolnak, az Airbus 320-as modellnél a biztonság szempontjából fontos rendszereket iktathatnak ki, így egyebek mellett a robotpilótát.
Korábban a légi közlekedéssel foglalkozó Aviation Herald című honlap azt közölte, hogy az egyiptomi gépen az úgynevezett ACARS adattovábbító rendszer három perc alatt hét vészjelzést küldött. Az egyik a mosdóból, egy másik a pilótafülke alatt található elektronikai blokkból, egy harmadik pedig a robotpilóta-egységből áradó füstről szólt. Miközben ezek tűzre utalnak, a viszonylag rövid adatsor nem árul el semmit arról, hogy a pilóták tettek-e valamit a helyzet ellenőrzés alatt tartásáért, és arról sem, hogy a gép egy darabban zuhant-e le, vagy már a levegőben szétesett – állították a honlap szakértői.
A WSJ szerint egy szakértő arra utalt, hogy az egyiptomi gépéhez hasonló helyzet alakult ki 2011 áprilisában a United Airlines amerikai légitársaság A320-as típusú utasszállító gépének fedélzetén, amelyen nem sokkal a New Orleansból történt felszállást követően jeleztek hasonló helyzetet az érzékelő műszerek. A pilóták később azt állították, hogy az ilyenkor szokásos utasítási rend szerint jártak el, azaz reagáltak arra, hogy a műszerek füstöt jeleztek, miközben a gép egyes elektromos műszerei „lefagytak”, és leállt a gép adatközlési rendszere. A pilótáknak csak nagy nehézségek árán sikerült a gépet letenniük, senki nem sérült meg.
A későbbi vizsgálatok kimutatták, hogy téves volt a füstjelzés a gépen. Az Airbus megerősítette, hogy hasonló esetek előfordultak már más gépein is. A társaság azt is közölte, hogy az újabb gépeire megbízhatóbb érzékelőket, adatközlőket szerelt, amelyek azonban továbbra is „érzékenyek maradtak a porra és bizonyos aeroszolos anyagokra”.
A The Wall Street Journal cikkében megjegyezte, eddig még nem derült fény arra, hogy a szerencsétlenül járt egyiptomi gépen téves volt-e a füstjelzés, illetve milyen lépéseket tett a személyzet, de a szakértők a korábbi hasonló esetek ismeretében komolyan vizsgálják ezt a lehetőséget is.
Az EgyptAir Párizsból Kairóba tartó, MS804-es járata 66 emberrel a fedélzetén a múlt csütörtökön hajnalban tűnt el a radarernyőkről, körülbelül 35 perccel a tervezett leszállás előtt, épphogy belépve az egyiptomi légtérbe. Azóta az Airbus után kutató hajók és repülőgépek csak néhány sodródó roncsdarabra, valamint emberi testrészekre bukkantak a tengerben a görög Kárpáthosz sziget közelében, de a géptestet még nem találták meg.
A katasztrófa oka egyelőre nem ismeretes, az egyiptomi hatóságok minden eshetőséget vizsgálnak, és azt sem zárják ki, hogy terrorcselekmény következtében zuhant le a gép.