Noha a bevándorlásellenes Alternatíva Németországért (AfD) párt programjában az áll, hogy „a keresztény Európát” akarja megvédeni, a németországi vezető keresztény egyházakkal, a katolikusokkal és az evangélikusokkal nincs jó kapcsolata. Alexander Gauland, a párt listavezetője még múlt év nyarán egyenesen szembeállította a nemzeti és a keresztény gondolkodást, mondván: „az AfD nem keresztény, hanem német párt”. A tömörülés idei áprilisi kongresszusán több küldött föl is vetette, hogy a párt választási ígéretei közé kellene venni az egyházi adó eltörlését. Ma Németországban az állam mindenkitől – hacsak valaki hivatalosan nem lép ki az adott egyházból – egyházi adót von le, amit átutal a katolikus vagy az evangélikus egyháznak. Az AfD némely politikusai szerint viszont „nem érdemlik meg” az egyházak ezt a segítséget. Armin-Paul Hampel, a párt elnökségi tagja egyenesen fölszólította a tagokat, lépjenek ki a katolikus és az evangélikus egyházból. Hampel már azzal megsértette az egyházakat, hogy csupán egyesületeknek nevezte őket, azt kérve a tagságtól, hogy „ne maradjanak ezeknél az egyesületeknél”. A katolikus és az evangélikus egyház vezetői magyarázatot követeltek, ugyanis ilyen egyértelműen még a szélsőbaloldali Die Linke politikusai sem foglaltak állást velük szemben. Jörg Meuthen, az AfD társelnöke nem határolódott el párttársa felszólításától, pusztán annyit mondott, hogy „ez nem politikai kérdés, hanem személyes döntés”. Meuthen közgazdászként egyébként az egyházi adó jelentőségéről írta doktori értekezését.
Kölcsönös az ellenszenv az AfD és a keresztény egyházak között. Az áprilisi kongresszus idején például baloldali antifasiszták mellett katolikus és evangélikus szervezetek is tüntettek Kölnben az AfD ellen. „A mi keresztünkön nincs horog” – hirdette a kölni katolikus püspökség egyik óriásplakátja, gyakorlatilag lenácizva az AfD híveit. A kölni püspök, Rainer Maria Woelki közismerten AfD-ellenes. Februárban megjelent könyvében részletesen elemzi a katolicizmus és a jobboldali populizmus viszonyát, s kijelenti: „A keresztények nem bőrszín, kultúra vagy vallás alapján tesznek embertársaik között különbséget, hanem mindannyiunkban felismerik Isten képmását. Az egyház ezért el- és megveti a jobboldali populizmus politikai programját, és határozottan szemben áll vele.” Tavaly, a kétévente megrendezett németországi katolikus napokon egyenesen ki is tiltották a szervezők az AfD-t. A többnapos program keretében valamennyi párt részéről, még a szélsőbaloldalról is hívtak vendégeket, egyedül az AfD elnökét, Frauke Petryt nem engedték be a rendezvényre. A szervezők szerint az AfD emberképe olyannyira idegen a kereszténységétől, hogy „nem volna értelme a vitának”. Reinhard Marx müncheni érsek, a Német Püspöki Konferencia elnöke pedig idén januárban azt nyilatkozta egy nürnbergi napilapnak, hogy az AfD-t a keresztényektől „éles határvonal” választja el, ugyanis a katolikus egyház idegenellenességet nem tűrhet meg a soraiban.
Ugyanakkor az AfD önfeladással vádolja az egyházakat. Frauke Petry pártelnök, noha bevallottan nem vallásos, mégis azt vágta Marx érsek fejéhez, hogy „neki fontosabbak a muzulmánok, mint a saját hívei”. Marx érsek egyébként a menekültkérdésben már a bajor kormánypárttal, a Bajor Keresztényszociális Unióval (CSU) is többször összetűzésbe került, kétségbe vonva a párt kereszténységét.