A 2010-es évekre már bőven elveszítette az oroszok többségének szimpátiáját, befolyása aligha volt fenyegető a Kreml számára. Ezért bár sok hajmeresztő vagy éppen kevésbé meredek elmélet született halálával kapcsolatban, befolyásának viszonylag alacsony szintjével érvelnek elemzők az ellen, hogy Nyemcovot a hatalom ölette meg. Ráadásul halála a Kreml szempontjából nagyon szerencsétlen időpontban történt: 2015 elejére már lezajlott a Krím annektálása, illetve a kelet-ukrajnai válság kirobbanása, Vlagyimir Putyinék nemzetközi megítélése hihetetlenül rossz volt, amin csak tovább rontott, hogy a nyugati sajtó tele volt az ellenzéki aktivista meggyilkolásával.
Egy másik elmélet arról szólt, hogy az orosz titkosszolgálat a gyilkosság segítségével próbálta háttérbe szorítani Ramzan Kadirovot és az úgynevezett csecsen klánt, ám kérdéses, hogy ezért megérte volna nekik megkockáztatni az Oroszországot érő presztízsveszteséget.
