A cseh rendőrség bűnügyi eljárást indított Babis ellen, a politikust uniós támogatással való visszaéléssel vádolják. A képviselőház megfosztotta a politikust mentelmi jogától, és kiadta a rendőrségnek. Az októberi választáson Andrej Babis új mandátumot szerzett, de a rendőrség ismét kérte a parlamenttől az időközben miniszterelnökké lett politikus kiadatását. Erről azonban már csak 2018-ban születik döntés. Nem zárult le az ügynökvád sem, és Babis mindkettő miatt továbbra is a támadások kereszttüzében áll.
Májusban Andrej Babis minden követ megmozgatott azért, hogy ne kelljen távoznia a pénzügyminiszteri tisztségből, de Bohuslav Sobotka szociáldemokrata kormányfő végül keresztülvitte akaratát. A prágai sajtó úgy véli: ekkor Babis, bár az általa vezetett Elégedetlen Polgárok Akciója (ANO 2011) mozgalom tagja volt a kormánynak, tulajdonképpen arra kapott lehetőséget, hogy attól kezdve már koalíciós partnereit is támadhassa, bírálhassa, és minden erejét a választási kampányra fordíthassa. Az eredmény nem maradt el: az ANO magasan megnyerte az októberi választást, és a 200 tagú alsóházban 78 mandátumot szerzett. Csehország új kormányfője nem győzi hangsúlyozni: úgy kapott bizalmat a választóktól, hogy ismerték a politikai ellenfelei által ellene felhozott vádakat.
A büntetőeljárás esetleges felújítása miatt azonban úgy néz ki, hogy az ANO elnöke – legalábbis az első próbálkozásra – nem fog tudni többségi támogatottságú kormányt felállítani. Szinte minden párt elutasította. Kisebbségi kormánya, amely az ANO képviselőiből és független szakemberekből áll, január 10-én terjeszti a parlament elé programját és kér bizalmat maga iránt. Milos Zeman államfő, aki Babis nagy szövetségesének számít, már előre jelezte: amennyiben megbukna az első kormányalakítási kísérlet, a második körben is Babist fogja megbízni a kabinet megalakításával. Egyes vélemények szerint ez már sikeres lehet, de a siker nem vehető biztosra.
